流域是一个整体性较强、关联度很高的完整的生态系统，在本质上要求流域生态补偿的实施要从流域的整体性出发，突破行政区域的限制，建立全流域生态补偿机制，而不能仅仅局限在省行政区域内。然而，由于我国流域面积广阔，涉及多个省市，往往被不同的行政区域人为地割裂，这种地方行政分割体制本身不具有科学性，而我国区域管理和流域管理相结合的管理体制并没有克服这种弊端，反而强化了地方利益。在流域分割化、分散化管理体制下，流域内各个利益主体难以通过集体行动来实现共同利益，各个主体基于自身利益的理性思考往往陷入“囚徒博弈困境”，这就导致我国流域生态补偿主要集中在省内，跨省流域生态补偿补偿的实施困难重重。要突破我国流域生态补偿的制度困境，就必须超越现行地方政府行政分割流域的管理方式，跨省流域生态补偿是加强流域上下游之间协商与合作的创新体制，有利于实现全流域“利益共享，责任共担”。本文在国内外己有的相关研究成果的基础上，依据流域的尺度和补偿的范围，对跨省流域生态补偿的概念及内涵进行界定；对跨省流域生态补偿的特殊性、理论基础及现实需求进行分析探讨。总结我国流域生态补偿的相关法律规定及政策规定，分析我国跨省流域生态补偿在实践中的四种模式，揭示出我国跨省流域生态补偿存在补偿责任主体不清，补偿机制缺乏长效性，补偿资金投入不足等问题。通过对国外流域生态补偿较为典型的流域生态补偿实践经验进行分析评述，从中提炼出可供我国跨省流域生态补偿完善的方面，如实行流域一体化管理，完善省际间协商补偿机制，建立市场补偿机制。本文的研究结果主要体现文章的第五部分，针对前文的背景原因分析，对健全跨省流域生态补偿机制提出三方面的建议，一是完善跨省流域生态补偿法律机制。依靠中央政府顶层设计，制定相应的法律和政策，确立跨省流域生态补偿的法律地位，将跨省流域生态补偿的具体内容以法律的形式固定下来，保证跨省流域生态补偿机制的稳定性；二是完善省际间协商补偿机制。完善流域管理委员会的职能，建立跨省流域生态补偿协商平台，逐步开展省际间水权交易，建立绿色政绩考核机制，加强流域内行政区际间的交流与合作，引导上下游省份通过协商、合作，达成补偿协议。三是完善跨省流域生态补偿保障机制。通过建立公众参与机制，财政保障机制，第三方监测评估机制保障跨省流域生态补偿的顺利实施。