大学组织结构作为现代大学制度体系的基本构成，其科学性与创新性是我国大学取得新的发展与突破的重要因素。本文从自由与效率两个维度对我国大学组织结构的优化进行研究，并构建了大学组织结构优化的理论模型。先从自由与效率的内涵入手，将自由的内涵划分为三个层面：学术自由、个性自由、要素组合自由，将效率划分为组织效率和社会效率，随之对组织结构的发展理论进行了梳理，并通过大学组织结构特性与发展趋势的分析对自由与效率在组织结构中的价值作了定性描述。然后从组织结构形式和层级、权力结构、劳动分工与单元运行、组织边界等四个层面归纳出我国大学组织结构的现状及问题，据此构建了我国大学组织结构的优化模型，提出如下观点：拓展要素组合自由：构建个性化、扁平化的组织结构形式；强化学术自由：构建二元权力相互协调和制衡的机制；张扬组织人的个性自由：促进劳动分工与单位运行的和谐；保持组织边界的自由：促进组织内部协调，外部畅通。