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目的:本研究将使用基因芯片技术对接受SOX方案新辅助化疗后的肿瘤组织进行分析，筛选出影响化疗疗效的差异表达基因，为临床工作中合理选择治疗方案提供理论根据。 方法:我们在临床工作中，经过严格的临床标准、病理标准和分子生物学标准筛选，分别收集接受SOX方案新辅助化疗后疗效好、疗效差和未接受新辅助化疗患者的肿瘤组织新鲜标本，提取合格的组织总RNA后，(1)按照规定步骤完成人表达谱芯片实验，将芯片实验的数据结果进行质量控制，包括SignalHistogram图、Relative Signal Box Plot图、Pearsons Correlation(signal)图、PCA(Principal Component Analysis主成分分析)图。(2)根据|FC|＞1.5，P-value＜0.05的标准选出差异基因。(3)使用层次聚类、Pathway分析和Gene Ontology分析进行差异基因数据的深入分析。 结果:我们共选择了符合标准的新辅助化疗后组织学反应为2级的肿瘤标本6例、组织学反应为0-1级的肿瘤标本6例和未化疗的肿瘤标本3例，进行芯片实验。根据筛选标准:(1)新辅助化疗疗效好与疗效差相比，有458个基因表达上调，241个基因表达下调;(2)新辅助化疗好与未化疗相比，有108个基因表达上调，283个基因表达下调;(3)未化疗与新辅助化疗疗效差相比，有172个基因表达上调，85个基因表达下调。 在DNA损伤修复基因方面:(1) HUS1(FC=1.67，P=0.011)、RECQL5(FC=-1.74，P=0.001)、XRCC4(FC=1.74，P=0.016)仅在新辅助化疗疗效好与疗效差之间出现了表达差异;(2) GADD45G在新辅助化疗疗效好与疗效差相比时表达下调(FC=-2.12，P＜0.001)，而与未化疗组相比时表达上调(FC=2.04，P＜0.001);(3) BTG2仅在新辅助化疗疗效好与未化疗组之间有显著表达差异（FC=-2.08，P=0.04）(4) DDB2仅在未化疗组与新辅助化疗疗效差之间有显著表达差异(FC=-1.8，P=0.011)。而在叶酸代谢方面，未见任何基因有显著表达差异。 结论:1.从目前SOX方案新辅助化疗进行情况来看，新辅助化疗是值得进一步尝试的治疗方法;2.全面分析获取疗效相关差异基因及相关数据，为下一步进行Gene Ontology和Pathway分析提供支持，有助于进一步建立功能层次网络和信号通路调控网络，继续寻找下游功能基因;3.由于铂类耐药主要与DNA损伤修复有关，我们发现HUS1(FC=1.67，P=0.011)、RECQL5(FC=-1.74，P=0.001)、XRCC4(FC=1.74，P=0.016)均与SOX方案新辅助化疗的疗效有关，有机会作为SOX方案中铂类药物化疗疗效预测的标志物，帮助筛选新辅助化疗敏感人群;4.GADD45G的表达改变可能是由化疗的药理作用所引起，在化疗过程中可以作为监测标志物来管控整个治疗经过;5.对于BTG2和DDB2需要进一步明确其与化疗药物之间的作用机制，明确其在化疗药物作用过程中的位置;6.氟尿嘧啶类药物的耐药机制尚需要进一步的研究证实。