区域经济协调发展问题是近几年区域经济学领域研究的重点问题之一。区域经济发展具有显著的区域性特征，经济发展的区域性特征在我国表现的尤为突出。由于自然资源资本要素劳动力要素制度文化等要素享赋不同，东中西地带之间，省区之间城乡之间经济社会状况十分不均衡。在可持续发展科学发展成为当前发展价值追求的背景下，区域协调发展引起学者的广泛注意和研究。本文通过对区域经济协调发展相关理论的理解，总结出区域经济发展的三个特性即综合性相对性动态性；通过主体功能区的相关理论和文献的研究，总结出体现主体功能区战略的基本理念，结合二者探讨主体功能区区域经济协调发展的内涵，并依此为依据建立评价重庆五大功能区区域经济协调发展的模型。并以1997年—2012年为时间轴，以五大功能区为区域划分标准，对重庆区域协调发展趋势进行了实证研究，最后给出政策建议。本文共分六章：第一章主要论述了我国以及重庆区域协调发展的背景和选题的意义。第二章为理论基础部分，分区域经济协调发展和主体功能区两个层面对能够支撑文章的理论进行了梳理。第三章列举了国内外主要城市践行主体功能区战略的经验和思路。第四章为主体功能区区域经济协调发展的运行机理。通过对第二章基础理论的梳理和研究，总结出区域经济协调发展的三个特性和主体功能区战略实施的几个作用，结合二者之间的关系进行进一步的总结，得出结论，主体功能区协调发展的运行机理包括：区域经济之间的联系区域分工区域差异区域要素协调以及区域整体发展效率，为下文区域经济协调发展评价模型的建立打下基础。第五章开始进行本文的实证部分，首先对重庆五大功能区划分的基本情况做了简单的描述，其次对重庆五大功能区经济现状进行了横向和纵向对比，而后以第四章总结出区域经济协调发展内涵为基础，得出评价五大功能区协调发展的综合评价模型并进行计算。最后得出的数据结果，分析问题所在。第六章是结论以及政策建议，针对第五章提出的问题。本文分政府调控市场运行社会监督三个层面提出政策建议。