本研究对安徽省两种具有代表性的道地药材蕲蛇和宣木瓜进行分子鉴定研究：(1)通过对蕲蛇药材及其市场收集混伪品的Cyt b基因进行序列测定和分析，结果发现蕲蛇药材存在着混杂现象。蕲蛇药材正品与其市售混伪品的Cyt b基因序列有着显著差异，该序列在蕲蛇药材种内差异率为0～0．91％，与混伪品间的差异率为18．57％～23．78％。(2)同时，在对蕲蛇药材及其混伪品药材的Cyt b基因片段的序列分析基础上，设计了用于蕲蛇药材PCR鉴别的一对高度特异性引物qsJB11和qsJBh1。用该鉴别引物扩增蕲蛇药材及其混伪品的模板DNA时，只有蕲蛇药材DNA模板能得到特异性阳性扩增，其余样品为阴性，最佳退火64℃。所设计的鉴别引物对蕲蛇药材有高度特异性，该PCR鉴别方法可准确、稳定、可靠地用于蕲蛇药材的鉴别。(3)通过检测AFLP分析中DNA提取、酶切及连接、预扩增和选择性扩增的结果，对影响AFLP分析的主要因子进行分析，建立并优化了宣木瓜AFLP分析体系。筛选出E—ACA+M—CAA引物组合，应用该对引物组合对来源于不同产地的宣木瓜供试材料进行了道地性初步分析，所获条带清晰可辩，道地性产区宣木瓜药材的特异性差异带明显，为研究木瓜的道地性和遗传多样性提供了技术基础。(4)测定了宣木瓜ITS基因序列，全长共594bp，GenBank比序与皱皮木瓜(Chaenomeles speciosa)同源性达95％(AF186530)。