随着人们对农产品质量的要求越来越高，食品安全也越来越受到重视，有机农业的发展从而成为焦点。土壤微生物作为土壤生态系统的重要组成部分，成为人们关注的焦点。施用有机肥和化肥可影响土壤中微生物的群落结构，关于肥料对土壤微生物影响的研究多在大田环境下进行，但是土壤微生物容易受气候、温度、大气等环境因素的影响，室内模拟试验可排除这些因素的影响。本试验通过室内模拟，利用变性梯度凝胶电泳（DGGE）分子技术手段，研究外源有机物料对有机菜田土壤微生物的影响，以期为有机农业生产合理施肥提供理论依据。主要研究结论如下：　　（1）有机背景土壤处理的pH（6.78-7.01）整体高于常规背景土壤处理的pH（6.46-6.61），施入尿素可使土壤的pH下降。施入尿素和苜蓿可显著增加土壤 EC值、硝态氮含量、可溶性有机氮含量。有机背景土壤处理的微生物生物量碳、氮含量高于常规背景土壤处理，有机背景土壤加秸秆处理（OS）的微生物量氮含量显著高于其他处理。　　（2）常规和有机生产系统土壤的真菌群落结构有明显差异。由DGGE图谱Shannon-Wiener多样性指数分析得知，有机生产系统土壤（O）以及加入苜蓿处理后（OA）的真菌多样性指数大于常规生产系统土壤（C）以及加入苜蓿的处理（CA），但是加入苜蓿后两者之间多样性指数的差距有缩小趋势；有机生产系统土壤加秸秆处理（OS）多样性最高。非加权组平均法（UPGMA）聚类分析将常规和有机背景土壤分为两大族群。DGGE条带测序和系统进化树表明，35个条带的近缘种大部分为非培养真菌，主要优势菌群归属为 Pyronemataceae、Pleosporaceae和Ascobolaceae。致病真菌Pleosporaceae的F9和F24条带仅存在于常规土壤，经过添加苜蓿改善后（CA），这些致病菌群条带亮度减弱。具有分解纤维素功能的Ascobolaceae真菌为有机土壤的特征性条带。　　（3）常规和有机生产系统土壤的细菌群落结构有明显差异。由DGGE图谱Shannon-Wiener多样性指数分析得知，有机背景土壤处理的细菌多样性整体高于常规背景土壤处理，有机背景土壤加秸秆处理（OS）细菌多样性最高。加入尿素后细菌多样性降低，相反，加入苜蓿后细菌多样性升高。聚类分析将常规和有机背景土壤分为两大族群。系统进化树表明，30个细菌条带归属为 Proteobacteria、Acidobacteria、Actinobacteria、Firmicutes、Verrucomicrobia。常规土壤加苜蓿（CA）处理出现的特征性条带 B13与有机背景处理的共有条带 B28分别与Bacillus属和Pseudomonas假单胞菌属同源性最高，Bacillus属与Pseudomonas假单胞菌属具有防治植物病害的生防潜力。　　（4）常规与有机生产背景土壤的固氮细菌群落无明显差异。由 Shannon-Wiener多样性指数分析得知，有机背景土壤加有机肥处理（OO）固氮细菌多样性最高。BLAST同源序列比对结果表明，鉴定出的固氮细菌归属于Rubrivivax红长命菌属和Rhizobiales根瘤菌目。　　综上所述，土壤微生物群落在常规与有机生产背景的土壤中有显著差异，在不同的有机物料施入后，土壤微生物的多样性增加，其中施入秸秆以后土壤微生物的多样性最高。有机背景土壤的细菌多样性整体高于常规土壤。施入化肥后降低了土壤的pH，使土壤真菌多样性升高、细菌多样性降低，施加苜蓿可以起到改良土壤的作用。