超微型浮游藻类（0.2～3μm，简称超微藻）广泛分布于海洋与淡水生态系统中，对水体初级生产力贡献巨大。超微真核藻(PPEs)物种组成复杂，多样性较高，而目前有关超微真核藻的研究大多集中在海洋和寡营养湖泊中，对富营养湖泊的研究较少。本研究以富营养水体—巢湖为研究对象，进行周年月度的野外调查。结合流式细胞仪分选技术和高通量测序技术，对巢湖PPEs的群落结构、物种间相互作用及其与环境因子的关系进行了系统研究。同时，通过室内模拟实验，研究了氮磷比对不同类群超微藻生长和竞争抑制的影响，主要结论如下:　　(1)结合流式细胞仪分选和高通量测序技术，可以大大降低异养序列在总序列中的比例。分析显示巢湖PPEs的多样性较高，包括所有已知门类，但以Chlorophyta和Bacillariophyta为主，两者共占PPEs总序列数的70％。另外，分选样品中还存在Trebouxiophyceae、Chrysophyceae和Dinophyceae等类群。巢湖各月份PPEs的生物多样性指数差异显著，峰值出现在12月。　　(2)PPEs的群落组成在高分类水平上较稳定，多数样品以Chlorophyceae和Coscinodiscophyceae为优势类群。但在OTU水平上，PPEs各主要类群的演替模式存在差异。首先，隶属于Neochlorosarcina negevensis的OTU134基本在所有月份都出现;而隶属于Sphaeropleales和Bacillartiophta的OTUs呈现出季节变化模式，如OTU1(Stephanodiscus hantzschii),OTU189(Monoraphidium convolutum)和OTU8(Pseudoschroederia antillarum);最后，隶属于Chlamydomonadales和Chrysophyceae的大部分OTUs呈现出月份变化模式。　　(3)巢湖营养盐浓度空间差异显著，而时间差异不显著（除NO3-N外），说明巢湖营养盐的空间异质性更为明显。RDA分析显示OTU水平的PPEs组分主要受水温WT和TN/TP的影响，并且WT可能是群落演替的关键驱动因子。流式细胞仪分选后仍然存在很多异养序列，且大都属于异养真菌。此外，在藻华及藻华后期（7～9月），Chytridiomycota的序列数占比较高，意味着壶菌对PPEs的寄生作用可能在此时期更为重要。　　(4)利用分子生态学网络分析了PPEs与异养的超微真核生物间的关系。结果表明，生态网络中高连通度的节点OTUs与大量出现的高丰度OTUs几乎完全不同;并且大部分的节点OTUs隶属于Chlorophyta和Fungi，它们之间存在负相关关系。此外，季节生态网络分析显示网络的模块数增加但模块连通度下降。　　(5)单独培养的聚球藻和麦克属具有更大的生长速率。当聚球藻与微囊藻混合培养时，在各氮磷比条件下(2～96)微囊藻均抑制聚球藻的生长;而当麦克属与微囊藻混合培养时，微囊藻只在中等氮磷比条件下(16～48)抑制麦克属的生长。营养动力学分析表明，与微囊藻相比，单独培养体系中麦克属和聚球藻对营养盐的亲和力更好且内禀增长率更大。但当两者与微囊藻混合培养时，通常受到微囊藻的抑制使得最大藻细胞密度和生长速率降低。