MHC基因是一个高度多态的基因群，主要包括三大类基因—Ⅰ类(Class Ⅰ)、Ⅱ类(Class Ⅱ)和Ⅲ类(Class Ⅲ)基因，它们无论在结构组成、表达组织的类型、刺激特定T细胞的类群及长期进化等方面都有所不同；Ⅱ类基因还可进一步分为A、B两个亚类：各类基因广泛分布于各种脊椎动物体内。MHC除了具有免疫功能外，还在其它许多方面起作用：MHC基因的多态性是最受关注的特征，尤其是Ⅱ类基因，因此可将MHC位点作为一种遗传标记，用于种群遗传结构和变异性的研究，这对于一些濒危物种的遗传保护起到重要的作用。 为了研究扬子鳄(Alligator sinensis)的MHC基因，本文利用一对简并引物扩增出扬子鳄MHC Ⅱ类B基因第二外元的部分片段，并对其进行了克隆及序列分析，结果得出10种不同序列，片段长166bp(其中一种为160bp)。通过序列比对发现序列的多态性较高，核苷酸序列中有38个变异位点，氨基酸序列中有23个的变异位点。同义(d_S)和非同义(d_N)替换率计算表明抗原结合部位(putative antigen-binding sites，pABS)的非同义替换明显高于同义替换。NJ法和MP法构建的系统树极为相似，10种序列聚为两支(A和B)，分支B与凯门鳄的两种序列的亲缘关系较近。本文的研究结果表明扬子鳄MHC基因的多态性较高，这对扬子鳄饲养种群的遗传保护将非常有利。 利用不同的实验材料提取适合研究的DNA是保护遗传学研究的基础，而对于鞣制皮革，用常规的DNA提取方法很难提到适合于研究的DNA样品。本文研究出一种改进的DNA提取方法，成功地从扬子鳄鞣制皮革中提取了总DNA，同时对不同的组织标本如鳞片、盐腌生皮及尾尖皮等进行了DNA提取：并利用12S rRNA基因扩增的通用引物、扬子鳄鉴定性引物、微卫星引物及RAPD引物进行PCR扩增，且对部分PCR扩增结果进行测序，以检验提取效果。结果证明，运用这种改进的提取方法从鞣制皮革中提取的总DNA适合保护遗传学研究的需要，可用于部分序列的扩增和测序研究及扬子鳄皮质用品等的分子鉴定。同时其它几种皮质标本也都可提取出DNA，并且提取效果较好。