我国企业并购从1984年始已有十多年的历史。政府在企业并购中的行为空间一直很大，政府介入甚至直接替代企业并购行为成为我国企业并购的一个突出特征。现实经济生活中存在的问题迫切要求我们从理论上作出解释，提出相应的政策建议。本文详细分析了企业并购中政府行为的制度背景，认为政府干预企业并购是由其所在的制度背景决定的。在现行的制度背景下，政府干预企业并购是必然的。政府在企业并购中起到了中介替代、跨部门协调、产业政策引导、保障相关者利益等作用，降低了企业并购的交易成本，促进了企业并购的顺利实施。但这并不意味着企业并购中政府行为总是有效率的。本文通过构造同地区并购和跨地区并购两个数学模型，认为当政府行为目标与并购企业行为目标一致时，政府实现对市场功能的替代，降低了企业并购的交易成本，优化了资源配置。而当政府行为目标与并购企业行为目标错位时，政府从自身利益最大化出发会容忍低效率的并购的存在，或者强制推行低效率的企业并购，或者阻碍高效率企业并购的实现。要改变这种状况，不能寄希望于政府放弃对自身利益的追求，只能改变政府行为的制度背景，通过影响政府的收益和损失改变政府的战略选择。本文通过分析发达国家政府在企业并购中的作用得出原则性的启示，并将之与我国的国情相结合，提出政府在企业并购中应充当企业并购市场的培育者、企业并购的引导者和调节者，对政府在企业并购中如何定位提出了一系列建议。