黄瓜是一种重要的果菜类蔬菜作物,品种资源较为丰富,利用分子标记进行黄瓜种质资源鉴定和分类对黄瓜种质创新和选育新品种具有重要意义。目前尚未见有利用ISSR分子标记进行黄瓜资源鉴定和遗传多样性分析等的研究报道。本研究利用正交试验法成功设计并优化了黄瓜ISSR技术体系。黄瓜单性结实特性是其重要的经济性状,选育单性结实品种是现代黄瓜育种中重要的目标性状之一。本文基于黄瓜单性结实品系（EP-6）与非单性结实品系（ZR-2）构建了包含135个单株的F₂分离群体,对单性结实和非单性结实的分子特征进行了分析。利用ISSR分子标记技术对46份黄瓜品种资源进行了多态性分析,8个ISSR引物在46份黄瓜材料中获得了42条扩增带,采用Jaccard方法计算出遗传相似系数矩阵,以UPGMA法对46份黄瓜品种进行了聚类分析。利用ISSR技术对3个黄瓜组合的双亲和F₁进行了引物筛选,初步建立了应用于鉴定黄瓜亲本及其F₁种子的ISSR指纹图谱。研究的主要结果如下:1.利用正交试验设计方法,从Taq酶、dNTPs、引物、Mg²⁺ 4种因素各3个水平来优化黄瓜ISSR反应体系。通过实验确定的黄瓜ISSR最佳反应体系为:在25μl反应体系中各反应成分为:1×PCR buffer,1.5mmol/L Mg²⁺,25ng黄瓜模板DNA,1U Taq酶,200μmol/L dNTPs,0.75μmol/L引物,ddH2O。这一体系的建立为利用ISSR技术进行黄瓜种质资源鉴定、遗传图谱构建和基因定位奠定了初步的技术基础。2.以黄瓜单性结实品系EP-6和非单性结实品系ZR-2为亲本构建了分离群体,采用分离集团混合分析法（BSA）法筛选与黄瓜单性结实基因连锁的ISSR分子标记。引物N92在亲本和DNA池之间扩增出一条大小为850bp多态性片段,经F₂代群体135个单株验证,该片段稳定出现,在单性结实植株中表现为无带,在非单性结实植株中表现为有带,可以作为鉴别单性结实与非单性结实的标记引物。这一结果为今后黄瓜单性结实分子标记辅助育种和基因定位奠定了初步的基础。3. 8个ISSR引物在46份黄瓜品种中扩增出42条条带,其中多态性条带为36条,多态性比率为85.71 %,表明ISSR标记在黄瓜上具有较高的多态性。46份材料间遗传相似系数的变化范围是0.3030⁰.8750,其中23（ZN1）和42（四川寸金子）的遗传系数最小（0.3030）,其遗传距离最远;34（Edipse）与43（杨泾黄瓜）之间的遗传相似系数最高（0.8750）,其遗传距离最近。聚类分析结果表明,若以相似性系数0.52为阈值时,可将46份黄瓜品种聚为两类,一类以较强的雌性表现为特征,另一类则多表现为普通性型。若以0.54的相似系数为阈值,46份黄瓜材料可以被分为四大类,虽然不能完全按照生态型将本研究中的黄瓜资源聚类,但总体而言,来自于同一生态型的多数资源可以聚在同一类或亚类中。各个类中均分布有具有单性结实性能的品种,前三类包括了较多的单性结实种质资源,占该类资源的46.10%。这既说明黄瓜单性结实性在品种间的普遍性,同时更说明不同品种间单性结实性又存在差异。4.利用ISSR技术对由双亲及其F₁组成的3个黄瓜组合进行了多态性分析, 65个引物中筛选出5个具有多态性,其中4个引物（J1、UBC818、N86和I-10）在组合1中均表现多态,F₁中双亲的特异带均能被扩增出来,表明四个引物均能将组合1的双亲及其F₁进行有效鉴别。引物N86和I-10对组合2和组合3的扩增结果表明,F₁中双亲的特异带均能被扩增出来,因此,引物N86和I-10均能将组合2和组合3的双亲及其F₁进行有效鉴别。据此初步建立了应用于鉴定黄瓜三个组合亲本及其杂种的ISSR指纹图谱。为黄瓜种子纯度的鉴定提供了新的技术途径,为实施黄瓜新品种知识产权保护提供了分子基础。