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柑橘衰退病毒(Citrus tristeza virus, CTV)引起的柑橘衰退病(Tristeza)是柑橘上发生最广泛、为害严重的病毒病,对柑橘产业存在严重的威胁。CTV属于长线形病毒科(Closteroviridae)长线形病毒属(Closterovirus)成员,基因组全长约为19.3kb,是已知基因组最大的植物病毒,目前已报道有27个CTV分离物的全基因组序列。由于该病毒的高度分子变异及重组现象的普遍存在,该群体结构也相对较复杂。在自然条件下,CTV主要通过蚜虫传播,其中褐色橘蚜是其最有效的传播媒介。本研究组前期研究发现CTV分离物S45(CTV-S45)内存在多个分子变种,并对其部分序列进行了分析。为进一步明确该CTV分离物的群体结构和分子特点,本研究进一步对CTV-S45进行了基因组序列研究,并分析了蚜虫传播后其分子变种组成的变化,结果如下：1.在前期初步测序的基础上,分6个片段设计8对引物,对CTV-S45基因组的5’端6-5340nt和近3’端9516-15965nt进行RT-PCR扩增,每扩增片段选取3-11个单克隆进行测序,序列比对的结果显示,各片段均存在一定分子变异,为2-6个分子变种组成的群体。其中U(6-725nt)、X(9516-11236nt)和Z(13426-15965nt)片段存在与弱毒株系T30及强毒株系NZRB-G90分别具有较高序列相似性的分子变种,相似性在97.8-99.0%。X片段的分子变种组成最为复杂,具6个分子变种。序列比对发现X和W片段存在重组现象。2.采用DNAMAN软件对本研究所测定序列和本实验室前期获得的序列进行比对和拼接,获得1个19256nt(命名为S45-R)的全长基因组序列和2个大小分别为9690nt (S45-R1,1-9690nt)和5120nt (S45-R2,10846-15965nt)的部分基因组序列。核苷酸序列比对结果表明,S45-R与GenBank上已登录的27个分离物的基因组序列相似性为80.0%-90.9%,与弱毒株系T30核苷酸序列相似性最高,为90.9%,但其CP基因与强毒株系NZRB-G90相似性最高,为97.5%,与T30为91.5%；测定P23蛋白的某个氨基酸来鉴定强弱毒株系显示为弱毒株系,该结果进一步表明CTV-S45基因组内存在重组现象。S45-R1与T30相应部分序列相似性最高,为98.2%。S45-R2与NZRB-G90相应序列相似性最高,为98.1%。3.以CTV-S45为毒源,采用褐色橘蚜对22株甜橙实生苗进行传毒,3个月后进行病毒检测的结果显示,3株甜橙实生苗(TV1、TV12、TV13)感染CTV-S45。采用RT-PCR技术分别对TV1、TV12和TV13植株中CTV的U、X、Z片段和CP进行进行扩增和测序,结果显示蚜传亚分离物内和亚分离物间的相似性均达99%以上,且各片段与S45-R相应序列相似性达98.5-99.8%。该结果表明褐色橘蚜对CTV分子变种传播具有选择性,本研究获全基因组序列S45-R来自该蚜传亚分离物。