农民专业合作社是新兴市场主体。农民专业合作社,是指在农村家庭承包经营基础上,同类农产品的生产经营者或者同类农业生产经营服务的提供者、利用者,自愿联合、民主管理的互助性经济组织。合作社产生于资本主义社会化大生产时期,是弱势群体为了增强自己的竞争地位和改善自己的处境而创立的。合作社的民主管理与盈余按成员交易额返还是其区别于其他经济组织的关键。1895年成立了国际性合作社组织——国际合作社联盟,对合作社原则作出了统一规定。合作社思想于清末民初传入我国,五四运动后广泛发展。1921年我国出现了农民合作社。随着农村家庭联产承包责任制的确立,农民合作社得到了较快的发展,近几年尤为迅速。2006年我国颁布的《农民专业合作社法》仅有56个条文。简单的规定引发了法学学者关于农民专业合作社的理论争论；导致了实践中农民专业合作社运行不规范。法学学者对农民专业合作社法人性质,法人财产权存在争论。关于农民专业合作社的性质,有的学者认为农民专业合作社是合作社法人、有的认为是中间法人、有的认为是企业法人。关于农民专业合作社的财产规定,有的学者认为是法人所有权,有的认为不是所有权。《农民专业合作社法》中的原则少于国际合作社联盟的原则,对成员资格限制过多。农民专业合作社在运行过程中存在章程虚化,名不符实,不分配盈余等问题。农民专业合作社的民主管理与盈余按成员交易量(额)分配的原则,是其区别于其他经济组织的关键。我国的农民专业合作社是一种经济组织,具有法人地位,具有营利性,属于营利法人。农民专业合作社有其独立的财产,享有法人财产权。建议我国应增设合作社联社的规定,明确规定农民专业合作社的教育、培训与信息原则。不应限制非农成员加入农民专业合作社。对农民专业合作社章程实施上的虚化,应采取加强对法律知识的宣传讲解,规定社长或理事的告知义务两种措施来避免。农民专业合作社运行不规范问题集中在涉农企业设立的合作社,应采取加强法律宣传,强化监督机制,完善财务管理制度等措施来解决。