农民专业合作社的发展提高了农民组织化程度和产业集中度，增加了农民收入。多样化的态势是我国农民专业合作社发展所呈现的特点，但总体来说，我国农民专业合作社目前尚处于发展的初级阶段，绝大多数合作社经济规模偏小。杨凌区的农民专业合作社也是如此，在其发展过程中明显表现出了自身局限和制度的缺陷。因此，从农民专业合作社治理结构、利益分配、产权安排等制度方面的实际状况出发，再综合考虑各方面因素，研究其发展过程中的制度安排不仅具有一定的理论意义，而且对建设社会主义新农村也具有很强的现实意义。本文选取杨凌地区的农民专业合作社为研究对象，通过分析杨凌农民专业合作社现阶段的发展状况，来剖析发展过程中存在的制度缺陷，分析问题产生的原因，并由此提出以制度创新方式促进杨凌区农民专业合作社更加规范、有序的发展。采用实证分析和比较分析相结合的方法，研究得出以下结论：（1）农民专业合作社制度的规范性有助于抵御农民经营风险。一方面有效增强了入社农民自身发展的实力，另一方面能有效地提高其抵御自然灾害的承受力和在市场上的竞争力。（2）杨凌农民专业合作社的社员构成大多以中小农户为主，也有社会团体或企事业单位的加入，其产权制度包括法人产权和社员产权两种。在治理结构方面，只有一部分合作社具有成员大会，有些也设置了理事会，但利益分配机制极不健全，对社员和负责人缺乏有效激励。（3）杨凌农民专业合作社普遍存在产权结构缺失、出资不规范、治理结构和人事制度不完善等缺陷。除了因法律、政策支持的欠缺外，一方面耕地的局限影响了杨凌农村经济的规模，另一方面对政府的过度依赖形成了等、靠、要的思想，导致发展动力不足。（4）通过对杨凌农民专业合作社制度安排的研究，提出加强政府引导和税收优惠，完善金融扶持政策，优化内部治理结构，建立完善的分配机制等举措。使农民得到更多的实惠应是合作社始终关注的重点以及制度优化的出发点。