山丹百合(L.pumilum DC.)是百合科(Liliaceae)百合属(Lilium)卷瓣组多年生球根植物。本文从生态标记、形态标记、生化标记及分子标记四个方面对青海省东南部地区28个居群的山丹百合进行遗传多样性研究。主要结论如下：　　(1)28个居群的山丹百合各生态因子都表现出显著差异，具有较丰富的多样性。结合生态因子的聚类分析，青海东南部山丹百合主要存在三种可能的迁徙方式，各迁徙方式内由于迁徙时间的延长又形成了相对独立的生态居群。　　(2)山丹百合的表型性状在居群间和居群内都具有丰富的多样性。11个性状的平均表型分化系数为79.66％，居群间的多样性大于居群内的多样性，说明居群间的变异是表型总变异的主要部分。各生态因子中以年均降水量对性状的影响最大。表型性状聚类分析表明，该地区的山丹百合可聚为4大类。形态聚类与生态因子聚类结果吻合度高达80%以上，说明青海东南部地区山丹百合居群间表型性状变异具有连续性，基本符合野外实地考察情况。　　(3)POD同工酶遗传多样性的研究结果表明，青海东南部地区12个居群山丹百合居群间的遗传相似度为0.333～1.000，平均遗传相似度为0.6615，居群间具有丰富的遗传多样性。互助县扎龙口乡的遗传变异最大，乐都县引胜乡的遗传变异最小。形态学标记和同工酶标记的聚类结果吻合度为75%，两种标记的聚类结果之间相对一致。　　(4)从123条引物中筛选出15条引物，对28个居群山丹百合扩增，共检测出152个位点，其中147个位点是多态位点，多态位点百分率96.71%。28个居群的多态位点百分率在50.00%～74.34%之间，平均为61.02%，说明山丹百合具有丰富的遗传多样性。比较POPGENE32软件计算出的遗传分化系数(Gst=0.6915)和基于Shannon多样性指数分析的遗传分化结果((Hsp-Hpop)/Hsp=0.6336)发现，山丹百合在居群间具有较高的遗传多样性。28个山丹百合居群可聚为4类，该结果与形态学及生化标记的聚类分析结果比较，吻合度都为89.29%，各居群的聚类方式之间存在差异，但是都能在一定程度说明28个居群山丹百合的遗传多样性。