地中海拟无枝菌酸菌U32全基因组测序提示其系统分类地位的遗传学基础及复杂的代谢和调控网络

来源 :中国科学院研究生院 中国科学院大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:MSYANXU
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本论文分为两个部分。  第一部分测绘了拟无枝菌酸菌属第一张完整的基因组精细图谱——地中海拟无枝菌酸菌U32的全基因组。地中海拟无枝菌酸菌属于稀有放线菌,是工业上生产抗分支杆菌感染一线抗生素利福霉素的菌种。研究发现地中海拟无枝菌酸菌U32基因组由10,236,715个碱基组成,是目前已测序的最大的原核微生物基因组之一。与链霉菌的线性染色体不同,U32的染色体和糖多孢红霉菌、诺卡氏菌一样为环形,显示他们之间在进化分类上有较近的亲缘关系。在地中海拟无枝菌酸菌U32基因组中预测到9,228个编码蛋白,分析表明与糖多孢红霉菌有较多的直系同源基因。但是,与诺卡氏菌的直系同源基因却没有与天蓝色链霉菌的多,我们推测这可能是由于U32与天蓝色链霉菌在适应相似的土壤生长环境中进化得到的缘故。在对地中海拟无枝菌酸菌U32基因组结构的分析过程中,除了有与链霉菌类似的核心区和非核心区,我们还发现一个新的“类核心区”嵌合在U32的非核心区中,这个“类核心区”具有与核心区相似的基因结构特征。同时,我们还在基因组中注释找到了26个与次生代谢产物合成相关的基因簇,其中有21个分布在非核心区,但利福霉素合成基因簇位于核心区中。与相近的产利福霉素B菌株S699对利福霉素基因簇进行比较基因组学研究,发现一个细胞色素P450酶(AMED_0653)在对利福霉素SV到B的转换过程中起关键作用。此外,对地中海拟无枝菌酸菌的基因组学研究还揭示了菌株利用各种碳/氮源的代谢网络和其作为抗生素前体的合成路径,以及在此过程中复杂的调控机制。  第二部分对另一株放线菌模式菌株——天蓝色链霉菌体内的乙酰化调控情况进行了研究。利用特异的抗赖氨酸乙酰化抗体,蛋白免疫印记实验表明天蓝色链霉菌M145中存在着丰富的乙酰化修饰现象,而且随着细胞的生长阶段不同而动态变化着。其体内的乙酰化水平受至少一对乙酰化酶Spat1和去乙酰化酶ScobB1共同调控。在天蓝色链霉菌M145中分别敲除突变乙酰化酶基因Spat1和去乙酰化酶基因ScobB1,观察发现其突变体在丰富培养基R2YE上有明显表型:△Spat1突变体生长速度加快,但产孢时间延迟;△ScobB1突变体生长速度减慢,而产孢和产素时间均有提前。对△ScobB1突变体内的乙酰化修饰蛋白进行质谱鉴定,找到了七个乙酰化肽段,分属于五个受体蛋白,其中一个与细胞分裂和产孢有关(SCO3887),另一个为组氨酸双组分激酶(SCO5748)。
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