吐峪沟石窟壁画中至今保留者着一些比较独特的形象,如第42窟半白半黑人骨像,第1、42等窟成数行数列排列表现的树木,乃至第20窟存在有包含“行者”与“极乐世界”等词的四则题记,均引起了学术界不少的关注。一种观点认为第42窟中的人骨像应来源自摩尼教二元论,象征人体所包含的明暗两部分,第1、42等窟中的树木则是代表摩尼教中的宝树,而20窟题记中所含“行者”、“极乐世界”二词在摩尼教经籍中曾有出现,因此将吐峪沟石窟视作摩尼教石窟。然而实际上,摩尼教中二元论的表示方式是通过两个概念化的树木,即黑暗死树和光明活树。半白半黑人骨像则应是根据《禅秘要法经》、《思惟略要法》等禅经中记载为佛教“不净观”的表现；成列行表现的树木即是由《佛说阿弥陀经》中对于净土世界的描述绘制而成；“行者”与“极乐世界”二词也是摩尼教为传播之便,假借佛教的外衣,引用自佛教的称呼。此外,胜金口北4窟所见两颗交叉树,也被认作摩尼教二元论的表现,而此处用写实手法表现树木的方式,与摩尼教经籍中所载概念化方式有所不同。同时树下所坐的光头僧人,也不同于摩尼教僧侣蓄发的特征。上述有关指认摩尼教的证据,均为对于摩尼教经典的误读。通过将壁画及题记与佛教经典对照,足证吐峪沟石窟为佛教石窟,与摩尼教无干。此外,在高昌回鹘将柏孜克里克石窟作为皇家寺院,并将其中一些石窟改建为摩尼教窟之时,吐峪沟石窟己人迹罕至,不具备与柏孜克里克石窟同样出现摩尼教壁画的条件。在敦煌本《西州图经》及发现于吐峪沟沟口的碑文《土都木萨里修寺碑》等记载吐峪沟石窟的资料中,均未提及吐峪沟存有摩尼教遗迹。同样可以证明,吐峪沟石窟为佛教石窟,称其为摩尼教窟尚缺乏证据。