伴随着我国社会主义市场经济的发展,各项改革已进入历史性的攻坚克难的深水区,转变政府职能,完善财政体制使之与社会主义市场经济体制相适应是财政体制改革的目标。公共财政预算不仅是政府的一种经济管理工具,是对未来政府经济活动的预测和保障,同时也具有监督规范政府行为的作用。因此,深化预算管理改革的研究,是建立公共财政的基本要求。2016年财政部全面推行中期财政规划管理,实行逐年滚动预算,质检总局废止旧的会计制度,在全系统运行新会计准则。这些新政策有利于优化预算资源配置,提高预算可持续性,但也存在较多问题。检验检疫系统尤其是系统内三级预算单位,其本身在预算制度管理上与地方行政单位大为迥异,与其他中央垂管单位也各不相同,十分特殊,对检验检疫系统的预算管理研究,有着较强的现实意义和价值作用。本文着重分析了当前检验检疫系统尤其是三级预算单位在预算管理中存在问题,主要体现为预算保障的缺位、预算编制水平较低、编制方法粗糙、项目支出效率低下、绩效预算执行缺失、事中监督事后审查薄弱等个方面;结合检验检疫系统三级预算单位实际情况及先进经验进行预算管理实践,提出完善预算体制改革的对策建议。本文认为,进一步完善检验检疫系统预算管理,首先要提高认识,建立健全财务预算管理体制,深化相关财政管理制度改革,逐步推行零基预算;在部门预算编制规范方面,要将中期滚动预算编制法则落到实处,编制全面、完整的部门预算案,增强财政部门预算编制的主动性;在预算保障上,要加快三级单位津补贴的改革步伐,建立好配套制度,尽快弥补以前年度经费缺口;在预算执行上,要实行充分严密的全面审查和重点管控,严肃项目资金的使用和核算,并充分融入绩效预算的考核衡量工作;最后,在审查监督上要提倡制度监督、信息公开与公众监督并行。本文着重对检验检疫系统三级单位预算管理情况进行了研究,对存在的问题客观地进行了原因分析,并提出政策建议,推动新形势下公共预算管理工作的进一步规范。