社会组织指的是依法成立的、非政府的、志愿性、民间性的一类组织。对于社会的发展来讲,社会组织的出现是一项重大的制度和组织创新,它们致力于解决各种社会性问题,为社会发展提供多种服务。近些年来,我国进入了经济和政治改革与发展的新时期,政府权力的转移和社会结构的变迁也逐渐开始。随着政府职能的转变,在国家政治和经济权利下放的过程中,出现了大量政府做不好,市场也做不好或者不愿做的社会公共事务方面的问题,这为中国的社会组织的兴起、发展提供了广阔的空间。伴随着我国经济体制转轨、社会结构转型,一个新的社会群体便在这样的背景下产生了,即农民工群体。随着我国城市化脚步进程的加快,在未来的几十年里,将有越来越多的农民工脱离土地、离开农村,走向城市,由此引发的农民工的权益保护的问题和关乎社会公平的问题便逐渐引起人们的关注。社会组织以其自身独特的优势积极参与农民工权益的保护,在提供就业信息、职业培训、法律知识普及以及关注留守儿童等方面能够发挥政府和市场不可替代的作用,在社会发展中扮演着重要的角色。但是由于自身以及社会环境因素的制约,社会组织在参与农民工权益保护方面还存在很多问题,社会组织的功能还没有得到完全的发挥。本文通过对社会组织在参与农民工权益保护过程中所遇到的问题进行分析,找出原因并提出相应对策,让社会组织能够分担政府在社会管理过程中的压力,为和谐社会的建设作出贡献。