草鱼（Ctenopharyngoclon idellus），俗名鲩鱼，隶属鲤形目（Cypriniformes）、鲤科（Cyprinidae）、雅罗鱼亚科（Leuciscus）、草鱼属（Ctenopharyngodon），是我国一种重要的大宗淡水鱼类养殖品种，已经有1700多年的养殖历史。草鱼自然分布于中国、俄罗斯和保加利亚，先后被引进到93个国家。在中国主要分布于长江、珠江和黑龙江三大水系。作为大宗淡水鱼类中一个年产量最大、养殖面积较广的品种，草鱼目前还没有遗传改良品种。本实验室成员自2010年开始，一直致力于生长速度快的草鱼新品种的选育工作。目前，我们已经开发出一批与生长性状相关的微卫星标记。为促使驯化过程优质高效，筛选优良生长性状亲本，寻找不同野生种群亲本优良组合，培育优良新品种，我们构建了一批不同地理种群草鱼的自交、杂交和家系群体，并对其生长情况进行跟踪。在实验过程中，为了区分不同群体，我们一般采用金属丝或电子芯片标记技术，这些标记费时、价格高、需要人力投入较大，急需寻找简便可靠的亲子鉴定方法来辅助实验。同时发现，草鱼的生产繁育中存在亲本遗传背景不清晰、多数育种场不够注重避免近亲繁殖等问题，从而可能造成草鱼的肉质、生长等性状出现退化。本研究以构建的5个草鱼家系和在长江、珠江等流域采取的一些随机样本作为实验材料，运用微卫星标记方法，寻找可以简单方便地进行草鱼亲子鉴定的微卫星标记组合，为家系同塘对比实验等提供一种标记手段；并计算同胞个体间Nei氏（1978）遗传距离，为判断同胞关系、避免近亲繁殖提供参考。具体研究内容如下：1.微卫星标记的筛选及其可鉴定亲本数选择本实验室开发和文献资料查阅的草鱼微卫星标记共64对，同时根据草鱼ESTs库DNA序列设计引物20对，用84对微卫星标记对5个草鱼基因组DNA进行扩增，选择条带清晰稳定，多态性高的引物作为实验的备用标记。其中选择7对微卫星标记在长江、珠江等流域野外采集的一些随机样本共72尾进行扩增，均为高度多态(PIC≥0.5)，无中度多态(0.25<PIC<0.5)或低度多态位点（PIC≤0.25）；每个微卫星位点的观测杂合度介于0.618-0.941，期望杂合度介于0.822-0.934；无效等位基因频率均介于-0.0378-0.1334，等位基因数均大于8，等位基因频率介于0.007353与0.264706之间。这7个微卫星标记亲子排除率是：当两个亲本基因型未知时，单个亲本排除率（E-1P）介于0.342-0.668，平均值为0.52；当一个亲本基因型已知时，另一个亲本的排除率（E-2P）介于0.521-0.802，平均值为0.681；一对亲本组合的亲子排除率（E-PP）介于0.711-0.937，平均值为0.847。模拟分析显示使用这7对引物，在亲本数为452的情况下仍然可以得到良好的鉴定效果。2.亲子鉴定与聚类分析利用7个微卫星标记（H165、H118、H148、H137、H57、H81、4703）检测了5个草鱼家系的亲本（F0）及其子代（F1）的基因型，据此基因型数据以及前文中随机个体的基因型数据，从亲子关系排除率、鉴别率、置信度等方面评估微卫星标记做亲子鉴定的可行性。以95%的置信水平和100%的鉴定率为标准，进行模拟分析结果是：H165、H118、H148、H137等4个微卫星标记可以做10个已知性别亲本或4个未知性别亲本的亲子鉴定；以上四个标记依次累积地加上微卫星标记H57、H81、4703后，分别可以做60、194、452个已知性别亲本或22、109、243个未知性别亲本的亲子鉴定。实验验证结果是：标记H165、H118、H148、H137不变，逐渐增加亲本数量时，鉴定结果的错误率逐渐升高，直至增加到78个亲本时，错误率大于0.05，已不能满足亲子鉴定时假设的95%的置信度；不同亲本数量条件下，未能确定亲本的子代个体基本相同，从而计算出的实际鉴定率随亲本数量增加变化不大。结论是：以93.71%的鉴定率和95%的置信度为标准，采用标记H165、H118、H148、H137即可在有50个未知性别亲本的情况下做亲子鉴定，足以满足多数的家系同塘繁育的实验需求。使用Popgene version1.32分别计算5个家系内同胞个体间的遗传距离并做了聚类分析，统计其值域，得到同胞个体间的遗传距离分布在0.1506-0.967之间，若两个体的遗传距离不在这个范围内，则它们很可能不属于同胞关系。