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壳囊孢属真菌(Cytospora)及其有性型黑腐皮壳属(Valsa)作为世界范围内重要的树木枝干腐烂病原菌之一,给中国北方森林生态系统造成了重大损失。我国对该属真菌的分类学研究相对薄弱,已有记载存在着种类鉴定不准确、形态特征描述不完整、地理分布和寄主谱系不明确以及同物异名和同名异物等问题。本研究在我国的4个典型气候区域进行采样,从33种寄主植物中分离到102株壳囊孢菌株,通过形态特征、培养性状以及系统发育分析,对该属真菌进行了鉴定,发现了2个新记录种和1个新种;利用r DNA-ITS、EF1-a、β-tubulin序列以及结合ITS1序列次级结构信息的系统发育分析方法,对壳囊孢属内存在的同物异名、同名异物及部分广布型种内遗传分化与寄主、气候和地理分布等生态因子的关系进行了探讨,为该属真菌的鉴定提供了重要的形态学和分子证据,也为该类病害的检疫、预测以及发生流行规律研究提供了重要的科学依据。本研究主要研究结果如下:1.基于形态特征和培养性状,将102株壳囊孢属真菌初步鉴定为6个种:C.chrysosperma、V.germanica、C.tritici、V.malicola、V.mali(无性型C.sacculus,异名V.ceratosperma)和一个未知种,并作出详细描述。利用EF1-a和β-tubulin序列的系统发育分析验证了形态鉴定结果,而且将r DNA-ITS序列无法分开的“种复合体”C.tritici/C.chrysosperma和V.germanica/V.malicola分别聚为2个支持率很高的单系类群。2.本研究通过形态特征和系统发育分析,将前述未知种初步鉴定为一个新种,命名为Cytospora palm sp.nov.,并给予正式描述。该菌株在PDA培养基上产孢体常聚生,近圆形,突出,直径2.84±1.25 mm;单腔室,被内陷分隔为7-10个不规则的小室,具有共同的腔壁(rosette cytosporoid)。颈高出产孢体盘表面1-3 mm;分生孢子梗透明,不分枝或底部偶尔分枝,大小为11.02±2.28×1.30±0.15μm。分生孢子透明,无斑点,尿囊状,无隔,大小为4.36±0.25×1.24±0.18μm。3.通过使用加入ITS1序列次级结构信息的系统发育分析方法,提高了对壳囊孢属近缘种系统发育关系分析的分辨率。分析结果表明,中国果树腐烂病原菌V.mali分化成V.mali var.mali和V.mali var.pyri 2个变种。其中,中国苹果腐烂病原菌V.mali var.mali与日本苹果腐烂病原菌V.ceratosperma sensu Kobayashi是同物异名,中国梨腐烂病原菌V.mali var.pyri与意大利梨腐烂病原菌V.ceratosperma是同物异名;而V.ceratosperma sensu Kobayashi,V.ceratosperma与Gen Bank中的3个V.ceratosperma同名种属于同名异物。4.金黄壳囊孢(C.chrysosperma)菌株数量占所有菌株数量的83%,表明该种为本研究壳囊孢真菌中的优势种。通过对采自我国4个典型气候区域的46株C.chrysosperma菌株进行多基因联合系统发育分析,发现该种内存在的遗传分化与这些菌株分布的气候区域有显著的相关性。另外,还根据祖先分布区重建分析和地理分布统计对C.chrysosperma真菌的起源中心、分布中心及遗传多样性分布中心作出了推测。综上所述,本研究通过形态学和系统发育分析对采集到的102株壳囊孢属真菌进行了鉴定和描述,发现了2个新记录种和1个新种,丰富了该属真菌的物种多样性。利用多基因和包含次级结构信息的系统发育分析方法,提高了壳囊孢属真菌分子鉴定的准确性,理清了这些壳囊孢属真菌间的系统发育关系。