2013年9月29日,上海自贸区正式挂牌成立,并成为我国对外开放的“前沿阵地”,它以建成高度贸易自由化区域为目标,颁布了一系列创新的金融改革制度,而上海自贸区商业银行监管制度作为金融创新中的核心亮点尤其引人关注。但是由于缺乏相关经验,时间仓促等原因,上海自贸区商业银行的监管制度还存在一些漏洞和瑕疵,本文试图从实践和学理的角度提出完善的路径。上海自贸区商业银行的监管制度与普通的商业银行监管制度有着很大的不同,这种不同主要通过《中国(上海)自由贸易试验区总体方案》和《中国人民银行关于金融支持中国(上海)自由贸易试验区建设的意见》的规定体现出来。上海自贸区商业银行监管制度的体系是由《中国银监会关于中国(上海)自由贸易试验区银行业监管有关问题的通知》和《关于试行中国(上海)自由有贸易试验区银行业监管相关制度安排的通知》构建的,这两个文件对上海自贸区商业银行监管制度的准入、运营、退出等相关方面进行了规定,但却存在很大的问题。主要是上海自贸区商业银行监管制度与现行法律的关系问题,监管制度层次太低,准入机制不完善,市场化监管薄弱和退出机制缺失。借鉴国外的经验,这些问题需要制定上海自贸区商业银行监管特别法、完善准入机制、完善运营监管监管制度、完善退出机制、完善监管机构建设、加强国际合作监管和加强行业协会的“自律”来解决。