桉树DNA自动提取及木素相关QTL定位

来源 :中国林业科学研究院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:w198911154
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人工林为工业生产提供高质量的木质生物素原料,同时也作为重要的固碳库。近年来,随着杨树、桉树等树种全基因组测序的完成和高通量测序技术的发展,树木的分子生物学研究进入了高通量的基因组研究阶段,并取得了一些成果。对于样品量大的林木群体基因组学和全基因组关联研究等,自动化、高通量的实验操作尤为必要。因此,本研究重点针对树木分子生物学研究中DNA提取这一基础环节,优化和建立了一种树木叶片DNA的自动提取方法,并将其成功应用于桉树杂种子代的父本分析中。并且,由于桉树是全球范围内热带和亚热带地区广泛种植的用材树种,本研究还对其进行了材性性状中木素含量和愈创木基比紫丁香基的比例(Gyringyl-to-suaiacyl ratio,G/S)的QTL定位研究。主要研究内容如下:(1)树木叶片DNA自动提取方法的优化和建立。以桉树4种/杂种的叶片为材料,比较了5种磁珠试剂盒在KingFisher Flex核酸纯化系统上自动提取的DNA得率和纯度,初步选出了2种较好的试剂盒。比较了KingFisher Flex上不同的洗涤速度,最优为Medium。初选的2种试剂盒所提的DNA均可有效用于PCR扩增,表明DNA纯度均较好,确定得率最高的为最优试剂盒。对比手动的改良CTAB法(DNA得率19.0μg/g,OD260/OD280为1.97,OD260/OD230为2.03),本文优化的方法可显著提高DNA得率(103.6μg/g)且DNA纯度相似(OD260/OD280为1.93,OD260/OD230为1.89)。优化的方法可有效用于马占相思(Acacia mangium)、银中杨(Populus alba×Po.berolinensis)、降香黄檀(Dalbergia odorifera)、思茅松(Pinus kesiya var.langbianensis)、马尾松(Pi.massoniana)和短枝木麻黄(Casuarina equisetifolia)叶片的DNA提取。这对树木分子生物学研究的高通量DNA提取有重要的应用价值,对非木本植物的DNA提取亦可提供有益的方法参考。(2)DNA自动提取方法在桉树杂交子代的父本分析中的应用。参试材料为包含1株母本、2株待确定父本和93株子代的桉树群体,参试标记为具多态性的16个EST-SSR标记。在95%的置信水平下,成功鉴定出92株子代的父本。其中,87株子代的父本为目的父本,5株子代的父本为外源花粉污染。由此,证明了本研究所构建的DNA自动提取方法能成功应用于桉树基于EST-SSR标记的基因分型实验中,为该方法进一步推广应用到其他林木树种的分子生物学研究中奠定基础。(3)桉树木素含量和G/S相关QTL定位。参试材料为课题前期构建的尾叶桉和细叶桉杂交F1无性系群体。QTL定位的遗传图谱为课题前期构建,所需标记分型数据为图谱构建所用标记对该参试群体的分型数据。在母本尾叶桉和父本细叶桉的遗传图谱上,共检测到4个与木素含量和G/S相关的QTLs,LOD值为3.8-20.6,表型变异解释率为5.1%-23.1%。
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