党的十九大召开之后,我国政府从政策角度规定了生态保护补偿在自然生态环境保护中的作用,这表明了我国政府对生态环境保护重视程度的提高。习总书记曾在十八届中央政治局第六次集体学习讲话中提出,只有实行最严格的制度、最严密的法制,才能为生态文明建设提供可靠保障。而要实现目标最重要的是完善经济社会发展考核评价体系,把资源消耗、环境损害、生态效益等生态文明建设的状况的指标纳入经济社会发展的评价体系。在这一背景下,对生态保护资金管理进行研究,探索生态保护补偿资金的有效管理模式,提高管理水平以保证资金的合理使用,促进资源优化配置,落实国家生态保护补偿制度,让生态保护补偿资金在自然生态环境的保护和生态建设中发挥出最大效用,实现生态保护补偿资金的收益目标,具有重要的价值。本研究充分借鉴生态环境价值理论、外部性理论、可持续发展理论及公共受托经济责任理论,以此为基础阐述了生态保护补偿资金绩效审计的相关理论,结合我国生态环境保护政策构建了生态保护补偿资金绩效审计评价指标体系。首选,对国内外相关研究成果进行了整理归纳,从中筛选出生态保护补偿、财政专项资金、绩效审计等相关理论。据此发现,我国关于生态保护补偿资金绩效审计的研究比较少,形成的理论成果也比较浅显,还没有形成一定的体系,在绩效评价指标体系构建上更是欠缺。其次,对生态保护补偿资金绩效审计相关理论进行了阐述,其中重点阐释了绩效审计内容、绩效审计目标及生态保护补偿资金绩效审计方法几项内容。再次,对已有成果中构建的生态保护补偿资金绩效审计指标体系分析评价,针对强存在的不足选择更有效方法构建新的指标体系。采用逻辑模型对选取的指标进行了定性分析和定量分析,构建了一个包括项目式管理的生态保护补偿资金绩效审计指标体系;最后,通过具体案例分析生态保护补偿资金绩效审计指标体系的运用流程及需要注意的事项,并对案例分析中发现的问题进行分析和提出解决对策。在充分借鉴已有研究成果的同时,本研究还参考了环境、生态、审计等学科领域的相关理论,以及我国现有相关法律法规和政策指令。针对生态保护补偿资金项目的整体运行流程的环节构成,设计了四个方面的指标,分别是项目立项、项目实施管理、资金筹集使用、项目目标实现。其中研究的重点内容是项目的具体运行管理过程进行审计,主要考核其中资金管理是否符合国家法律规定、是否达到了经济效益目标等等。在选取的案例中进行实际审计,证实了生态保护补偿资金管理绩效审计指标的实用价值,也证明该指标体系的可操作性。本文取得的成果为专项资金绩效审计指标体系的构建提供了思路和方法,对生态环境保护工作和审计工作都有一定的参考价位。