采用7对微卫星分子标记对中华水韭安徽休宁、浙江建德和东方水韭浙江松阳三个孑遗居群的迁地保护在武汉植物园的迁地居群的36个亚居群共720个样本进行了遗传多样性与遗传结构分析,共检测到59个等位基因,每位点平均等位基因数(A)为8.43。迁地保护各亚居群均维持很高的遗传多样性水平,多态信息含量(PIC)平均为0.707。迁地保护亚居群间遗传分化较低,遗传分化系数GST仅为0.070,居群间具有较大基因流(Nm=3.59)。单因素方差分析发现水韭孢子或孢子体在沿主要水流方向上的长距离传播能力要强于弱水流方向上的短距离传播能力,水流动态对水韭植物的基因流有重要影响。这与UPGMA聚类分析中迁地保护亚居群并没有按孑遗居群来源而是按其位置是否邻近或水流相通情况而优先聚类的结果相一致,水流所带动的强大基因流导致了不同孑遗居群的迁地保护亚居群间的遗传混杂。基因型组合搭配实验结果表明水韭植物的繁殖适合度在居群间存在差异,建德居群的繁殖适合度最高,休宁居群的最低。总体而言,多基因型组合搭配的繁殖能力相对较高,不过缺乏显著性差异,这可能是多种因素影响的结果。不同孑遗居群间的组合搭配,可能暂时提高其繁殖能力,也可能降低其繁殖能力。目前研究结果不能排除杂交衰退、杂交没化等遗传风险的出现。建议在开展水韭植物的迁地保护或回归自然重建时,对具有地方适应性分化或者显著性进化单元的水韭植物居群应相互隔离而不宜配置在一起。充分考虑居群内遗传多样性,采取居群内基因型多态性的高复合水平组合搭配的遗传管理策略。