我国目前正处于转方式、调结构的关键时期,走自主创新之路,大力发展高技术产业是必然选择。由于高技术产业投入巨大,技术创新效率问题是困扰很多企业的突出问题,尤其是对那些规模并不大的中小企业来讲。如何评价其投入产出水平,将有限的资源用到最急需的方面,是一个紧迫的课题。因此通过对高技术产业技术创新效率的测度和影响因素分析,不仅有助于加快高技术产业自身的发展,而且能够带动相关传统产业,顺利实现结构升级。本文基于Kuosmanen在2006年提出的stoNED模型,对我国2000-2010年间高技术产业的技术创新效率进行了分析。stoNED方法在不引入新概念的情况下,很好地综合了DEA和SFA的优点,分析更为全面,并且形式灵活、操作性强。同时,针对高技术产业技术创新活动的特点,本文将该过程分为技术开发和技术转化两个阶段。分别从人力、资金、技术等角度选取投入产出变量,构建指标体系来测度技术创新效率,并对影响因素进行了实证分析。实证结果显示：2000—2010年间,我国高技术产业的技术转化效率普遍较高,而研发效率相对较低,平均低了近0.135个百分点,且行业之间也不均衡。技术转化效率在行业间差距小,且一直保持稳定。市场结构对技术创新效率有着显著的正向影响,而且本文并未发现国有企业的低效率,政府有必要加大对各行业的引导。金融支持可以有效解决企业发展中的资金问题,有利于促进技术创新效率的提高；科研机构数量也对其有着显著的影响。从企业内部来看,劳动者素质仍是实现技术突破的最重要力量,加强对外交流也能够促进技术创新效率的提高。由于行业间的规模差异较大,规模效益并没有在各行业间一致地体现出来,企业规模与技术创新效率之间呈负相关关系。而且在这一期间,政府支持和R&D投入强度的作用也未体现。在实证分析的基础上,本文从三个方面提出了一些有针对性的政策建议,以解决当前我国高技术产业发展中存在的突出问题。