随着经济的发展，社会的进步，环境污染威胁变得越来越严峻，人们在重视发展的同时不得不提高对环境保护的重视。近些年来，水污染事故频发，尤其是跨行政区域间的河流的污染事故，其影响范围已经不仅仅限于一个行政区域，而是扩大到不同的行政区域，致使更多地区的居民用水受到影响，地方政府矛盾加深。解决跨行政区域间河流的污染防治问题，不仅是为了还给河岸居民以安全洁净的水环境，更是为了解决河流流经的不同行政区域间因河流水资源的利用和污染问题由来已久的矛盾。作为跨行政区域间的河流，它具备一般河流的自然特点，也具有其特殊性。因此，在针对跨行政区域间的河流水资源进行保护和污染防治时应当遵循它的一些自身特点。目前我国仍缺乏针对跨行政区域的河流的专门立法，再加上我国“多龙治水”的现状，使得跨行政区域河流的污染防治工作显得十分混乱。本文通过对跨行政区域河流污染防治立法的相关法理基础进行论述，并对我国现阶段以行政区划分的跨界河流的管理模式，以及国外的先进经验进行阐释和论述，提出将行政区域主导的跨行政区域河流的管理模式转变为更符合河流自然属性的流域综合治理机构的立法改革建议，提出以预防为主改变经济主导的环保模式，同时也为跨行政区域河流污染防治而引起的不同地方政府间的利益矛盾提出了建立政府性基金的解决方法，试图针对跨行政区域河流的污染防治构建一整套有效的立法改革机制。