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豚鹿(Axis porcinus)是我国最为稀少的鹿类动物之一,属国家Ⅰ级重点保护的野生动物。目前,我国豚鹿的野生种群已经灭绝,全国人工圈养的数量也仅30余只。为了了解豚鹿的遗传多样性现状和种群亲缘结构,本文针对国内圈养豚鹿群体的26个个体利用磁珠富集技术和基因分型检测,获得了9个多态性的微卫星位点(Apo-1、Apo-2、Apo-3、Apo-4、Apo-5、Apo-6、Apo-7、Apo-8、Apo-9)。9个位点的群体检测参数如下:(1)各位点之间不连锁,但只有8个位点符合哈温平衡而适用于常规的微卫星分析,7个位点符合亲子关系鉴定之遗传标记要求;(2)等位基因数量的均值为2.22(2-3);(3)观察杂合度均值为0.406(0.044-0.619);期望杂合度均值为0.437(0.194～0.633);(4)各位点多态信息含量均值为0.361(0.175-0.561),为中度多态;(5)位点累计的个体识别率达到99.98%。利用上述7个符合亲子关系鉴定的微卫星位点(Apo-1、Apo-2、Apo-5、Apo-6、Apo-7、Apo-8、Apo-9),对成都动物园的圈养豚鹿进行亲子关系鉴定后,确定了13个母本为已知的子代个体的亲生父本。同时,利用排除法之基于子代必有一等位基因来自其亲生父本的原理,确定了8对父子关系。利用似然法中根据等位基因频率计算各非排除父本为亲生父本的概率,确定了5对亲子关系,置信度均达95%。综上所述,本文分离的多态性微卫星位点,可用于豚鹿的保护遗传学研究工作,其对成都动物园豚鹿种群所作的亲子关系鉴定,完善了该园豚鹿种群的繁殖信息。此项研究结果,对日后豚鹿人工种群繁殖配对策略与计划的制定,以及基于避免近交衰退而在各饲养单位之间的个体交换,提供了科学的参考依据。