创新是人类社会进步和发展的不竭动力,创新己成为一个国家或地区竞争能力高低的决定性力量。在科技革命日新月异的今天,技术、信息、知识等创新资源瞬息万变,区域发展面临的内外部环境也在迅速发生变化,创新主体之间相互学习、优势互补、实现区域层面的协同创新,成为提高个体和整体创新效率的重要手段。因此,大力培育各地区自主创新活动中协同创新能力,有利于推动区域经济结构调整,从根本上提高经济竞争力,最大限度提高创新效率,实现区域经济的可持续发展。　　 本文在相关课题的研究基础上,选取区域自主创新活动中协同创新能力作为研究对象,介绍了区域协同创新的相关理论,通过对区域协同创新活动的研究分析,理论上理清协同创新能力指标体系构建依据,并结合相关研究成果,提出协同创新能力评价指标体系,在此基础上以合芜蚌自主创新综合配套改革实验区为背景,阐述协同创新能力现状,运用主成分分析法、聚类分析和SPSS软件对“合芜蚌”试验区和安徽省17个地市协同创新能力进行评价和比较。最后根据分析结果,提出了提升合芜蚌自主创新综合配套改革试验区协同创新能力的对策和建议。