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本论文以我国濒危药用植物桃儿七为研究对象，通过纯培养方式（传统培养基分离）和免培养方式（第二代高通量测序）两种研究方法，对5个自然野生分布点的桃儿七群落内生真菌多样性展开系统研究。主要研究结果如下: (1)纯培养条件下培养基分离研究桃儿七内生真菌:地下部分根组织采用马铃薯葡萄糖琼脂培养基(PDA)、沙氏葡萄糖琼脂培养基(SDA)和孟加拉红培养基(MEA)三种培养基分离，分离到内生真菌分别为8属、8属和7属。组织块培养法和研磨组织法分离到内生真菌分别为12属和6属。地上部分茎叶组织采用PDA和SDA培养基，分离到内生真菌分别为13属和14属。结果表明:单一的培养基类型分离桃儿七内生真菌没有明显的优势，桃儿七内生真菌分离应采用多种培养基类型组合的方式进行研究，外植体最佳处理方式应该采用组织块培养法。 (2)纯培养条件下培养基分离研究桃儿七内生真菌:地下部分根组织405个组织块和135个研磨组织平板共分离到内生真菌128株，经形态学结合分子生物学鉴定，可归类为2门、7纲、10目、14科、15属，优势属真菌为Leptodontidium属，相对分离频率为46.94％;地上部分茎叶720个组织块共分离到内生真菌141株，可归类为2门、6纲、9目、12科、19属，优势属真菌为拟青霉属，相对分离频率为26.24％。内生真菌的总定殖率为20.38％，具体为:茎(29.72％)＞根(21.98％)＞叶(9.44％)。 (3)免培养条件下高通量测序研究桃儿七内生真菌:地下部分根组织，分别选用三对真菌特异性引物2F/2R、3F/3R和ITS1/ITS2，扩增真菌ITS区域，结果显示:ITS1/ITS2引物扩增序列长度在300 bp-400 bp之间，确定为高通量测序的最佳引物。测序质量控制后，共获得优质序列98373条，归类为1221个可操作分类单元(OTUs)，属于3门、20纲、52目、92科、133属，优势属内生真菌为Tetracladium属，相对频率为29.41％，多样性在1.06-2.89之间。内生真菌群落的热图聚类结果显示:青海省境内的3个桃儿七群落聚类成一枝，内生真菌群落的相似性较高，表明内生真菌的群落结构受到空间地理位置的影响，采样点空间地理位置越近，内生真菌的群落组成越相似。 (4)纯培养条件下的培养基分离与免培养条件下的高通量测序比较:免培养测序测定出根组织内生真菌有133属，纯培养三种培养基、两种外植体处理方式分离出根组织内生真菌有15属。结果表明:免培养条件下高通量测序方法对于研究桃儿七内生真菌群落组成及多样性具有显著的优势。