探索早期肺癌中血小板mRNA的表达差异

来源 :川北医学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zhanghao2018
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研究目的:如何快速、简便、微创地实现肺癌的早期诊断在临床上具有重要意义,近年,通过液体活检探寻早期诊断癌症、监测癌症进展、靶向治疗、评估癌症预后的新方法成为热门。液体活检中的“肿瘤教育的血小板(tumor-educated platelets,TEPS)”已经被研究证实与肿瘤的生长、转移密切相关。肿瘤及肿瘤微环境可以促进血小板活化,活化的血小板可通过多种途径在肿瘤细胞的转移及生长方面发挥促进作用,二者之间的这些相互作用影响肿瘤细胞的相关基因表达,血小板的RNA谱也随之发生了变化。本研究在此基础上,应用二代测序技术(the next generation sequencing,NGS),对早期肺癌病人及健康人的血小板mRNA谱进行测序,对比二者mRNA表达谱,筛选差异表达基因,进而探索TEPs在早期肺癌诊断中的应用价值。研究方法:收集广元市中心医院呼吸内科与胸外科经组织病理学确诊的早期肺癌患者7例和体检中心的正常体检者6例为研究对象,使用10ml规格EDTA抗凝管抽取受试者清晨空腹外周静脉血10ml,利用密度梯度低速离心法处理血样本,得到富集血小板,利用牛鲍计数法及伊红-亚甲蓝染色镜检法评价血小板纯度,使用试剂盒(Trizol reagent)提取血小板总RNA,经处理后得到血小板mRNA,应用NGS对mRNA进行测序,对比两组的mNRA基因表达谱,筛选出差异表达基因。对差异表达基因进行聚类分析、GO(Gene Ontology)功能分析、KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集分析,在差异基因谱中再挑选出8个差异表达最显著的基因作为研究基因,6个在肺癌患者中上调,2个下调,查阅文献寻找这些差异基因在肿瘤方面的可能价值,为下一步研究打下基础。结果:发现早期肺癌患者与健康体检者的血小板mRNA基因表达谱存在明显差异,GO功能分析发现差异基因功能主要富集于线粒体翻译终止(Mitochondrial translational termination)、线粒体翻译延伸(Mitochondrial translational elongation)、中性粒细胞脱粒(Neutrophil degranulation)、蛋白质结合(Protein binding)。差异表达的基因在KEGG通路主要富集于剪接体(Spliceosome)、核糖体(Ribosome)、非酒精性脂肪性肝病(Non-alcoholic fatty liver disease(NAFLD))、吞噬体(Phagosome)、抗原处理与展示(Antigen processing and presentation)。选取的8个差异基因大多与肿瘤有关,分别是:DDX11L1、USP37、CMTM4、TAF10、GNA12、DDAH1、WFDC1、KREMEN1。上调基因:DDX11L1、USP37、CMTM4、TAF10、GNA12、DDAH1,下调基因:WFDC1、KREMEN1。其中USP37、DDAH1既往研究提示与肺癌有关。结论:1、本实验在二代测序的基础上,对早期肺癌患者的血小板mRNA测序获得mRNA基因表达谱,对正常体检者的血小板mRNA进行测序获得其mRNA基因表达谱,对比两者的基因表达谱,发现早期肺癌患者与健康人的血小板mRNA谱之间具有明显差异。2、差异基因分析结果显示:DDX11L1、USP37、CMTM4、TAF10、GNA12、DDAH1在肺癌早期患者中上调,在健康人中下调,WFDC1、KREMEN1在肺癌早期患者中下调,其中USP37、DDAH1与肺癌相关性较大,提示这些基因可能参与了肺癌早期的发展,但具体在早期肺癌中的筛查及诊断价值仍有待进一步验证,以及这些基因的特异性及敏感性仍待进一步验证。
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