当今社会经济迅速发展提升了人民的生活品质,人们期待选购到优质的生鲜农产品,以维持身体所需。如果在运输流通环节中不注意包装与保鲜,产品容易破损,给企业带来重大损失,而生鲜农产品的新鲜性也是影响市场供需的主要原因,消费者对不新鲜的农产品不买单,所以对生鲜农产品的冷链配送与运输管理就非常关键。同时,目前学术成果主要基于供应链成员完全理性前提下研究,以自身利润的最大化为决策准则,现实生活中的决策者受个人感知左右,在决策过程中追求效用最大化,而非自身利益最大化。鉴于此,本文从公平偏好视角出发,研究生鲜农产品供应链,并制定机制协调生鲜农产品供应链。研究供应商与零售商组成的二级生鲜农产品供应链,以公平中性集中决策为基准模型;其次考虑仅零售商存在公平偏好心理,引用传统公平偏好模型,零售商关注整体供应链收益分配的绝对公平,分析该心理倾向对供应链各个决策变量最优值以及参与者效用的影响;其次,利用Nash讨价还价公平偏好模型,公平偏好行为人考虑供应链所有成员的实力和对供应链所做出的贡献,分析该心理倾向对供应链各个决策变量最优值和参与者效用的影响;然后考仅虑供应商具有公平偏好心理,探讨其公平偏好心理对各个决策变量最优值以及参与者效用的影响。最后考虑双方同时存在公平偏好心理,引用传统公平偏好模型,分析双方公平偏好心理对各个决策变量最优值以及参与者效用的影响。此外,本文采用收益共享契约消除上述五种公平情形下的产生的供应链运作偏差,并求出收益共享比例。研究表明:供应商和零售商的公平偏好心理都会降低供应商保鲜努力水平,进而降低生鲜农产品新鲜度和市场需求;公平偏好心理的存在重新分配供应链成员效用,单方的公平偏好心理有利于自身,不利于对方,并且供应链成员公平偏好心理的存在会降低整体生鲜农产品供应链效用,影响生鲜农产品供应链稳定。