目前，主流的网络流控管理系统都是基于深度包检测技术来实现对各种网络应用流量识别的，其前提条件是具备一个精确而完整的网络应用协议特征库，而这个协议特征库往往通过专业人士手动分析数据包或应用层协议文档获得，整个过程不仅费时费力，而且为了保证特征的准确性，对工作人员的要求也很高。　　本文设计并实现了一种高效的网络应用协议特征自动提取系统，该系统为了提高应用协议特征提取成功率，针对不同网络应用数据流的特征位置固定、特征位置不固定、多个包长固定等特点，采用三个优先级别策略对系统框架进行设计，为了提高系统性能，通过基于特征定位的方式对网络应用广泛使用的HTTP协议和SSL协议进行解析，提取HOST和server name字段信息，并基于Smith-Waterman算法实现位置不固定模式串特征的提取。该特征自动提取系统通过利用各级模块中的不同算法对协议样本中的相应协议特征进行提取，并将结果按照自定义规则保存成相应协议描述文件添加到协议库中。　　本文所实现的系统已经在实际操作中使用，降低了网络应用协议库维护与升级的成本，增加了企业效益。另外该系统只需对规则转换模块稍作调整即可为其它网络流控产品按照需要生成协议特征文件。