底物转化速率对代谢分工合成微生物群落空间组装的影响

来源 :合肥工业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:nana119
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
微生物影响着全球生物地球化学循环。尽管单一微生物可以发挥多种代谢功能,但是自然界中许多重要的物质转化过程是由多种微生物分工合作完成的。这一现象称之为“代谢分工”,其群落构建与功能相关机制的研究对了解地球生物化学过程具有重要意义。微生物在物体表面形成的生物被膜是自然界中微生物的重要生存形式。微生物通过相互作用在物体表面形成了特殊空间结构,并对群落的多样性、稳定性和效率产生重要影响。虽然在液体均质环境中,代谢分工群落的构建原理已有一定研究,但是代谢分工群落的空间组装特征及其影响机制仍不清楚。因此,本文选取了萘降解研究的模式菌株——施氏假单胞菌Pseudomonas stutzeri AN10为出发菌株,构建了一株能够可控降解水杨酸钠的菌株P.stutzeri AN0000-PBAD-nahG,通过不同浓度的鼠李糖诱导rhaSR-PrhaBAD启动子系统,调控水杨酸羟化酶基因nah G的表达。文章对改造菌株的功能进行了验证,并构建了合成微生物群落,探究微生物群落空间结构特征,重点分析了底物转化速率对代谢分工合成微生物群落空间组装的影响。主要结果如下:(1)通过对P.stutzeri AN0000菌株的分子改造,成功构建了P.stutzeri AN0000-PBAD-nah G菌株,并对改造菌株进行Ⅳ型菌毛功能基因敲除以及荧光标记,得到实验菌株。对菌株的功能分析进一步得知:添加不同浓度诱导剂鼠李糖能够实现PBAD启动子对基因的可控诱导表达,并且当鼠李糖浓度介于0%-0.2%时,诱导能力与鼠李糖浓度成正相关关系。酶表达测定结果显示,随着诱导剂鼠李糖浓度的升高,使得nah G酶活提高,酶表达量上升;与此同时,菌株P.stutzeri AN0000-nah GΔpil AB可以实现对水杨酸钠的降解,底物的转化速率与酶表达量呈正相关,30 min内可以实现87%的水杨酸转化。液体均质环境中对P.stutzeri AN0000-nah GΔpil AB和P.stutzeri AN0001Δpil AB菌株在丙酮酸钠下的竞争实验表明:鼠李糖浓度的升高不会使菌株之间产生相对适应性代价,群落处于稳定的状态,物种多样性保持较高的水平。(2)P.stutzeri AN0000-nahGΔpilAB-mCherry2和P.stutzeri AN0001ΔpilAB-eGFP2菌株在水杨酸钠和丙酮酸钠下分别模拟合成代谢分工和竞争关系的微生物群落。共培养结果显示,不同浓度的鼠李糖诱导下,合成菌落的中央两菌株完全混合;而在群落的扩张区,菌株逐渐分离,形成了一种更为均匀的混合结构。通过对菌株的酶表达量分析,鼠李糖诱导nah G基因表达,使得nah G酶活和酶量逐渐提高,根据酶促反应动力学方程,酶促反应速率与酶浓度成正比。因此,P.stutzeri AN0000-nah GΔpil AB菌株的反应速率会随着鼠李糖的添加而逐渐增大,使菌株对底物水杨酸的转化速率增大。已有文献报道,水杨酸1-羟化酶是水杨酸钠降解途径的限速步骤,因此这种差异对群落的空间组装产生一定的影响。在竞争条件下,菌株之间相对适应性不会随着底物转化速率的变化而变化,相对丰度也不发生变化;合成群落在扩张区形成了红绿相间的条形结构,并且在条形结构的边缘产生了新的类似于锯齿状边界,微生物群落仍具有稳定性。而在代谢分工条件下,菌株对于底物的转化速率对群落的空间组装产生影响,使合成群落在扩张区形成次级演替,生产者先扩张占据外圈,消费者随后扩张产生凸起状的结构,这种结构会随着转化速率差异的增大向生产者占据的空间延伸,形成稳定的混合结构。(3)通过gro平台构建了基于个体的模型Individual-based model(IBM),模拟了代谢分工在固体表面合成微生物群落空间动态。对合成群落中物种的相对丰度、中间代谢物以及最终产物的浓度分析表明:酶量变化所带来的底物转化速率的差异对群落的空间组装产生影响。其主要原因是第一步反应菌株对底物的转化速率增大,中间代谢物生成量提高,参与后一步反应的0001菌株能够生成更多的丙酮酸钠用于生长,相对丰度增大。本文通过实验探究和模型模拟构建合成微生物群落,结果表明代谢分工合成微生物群落中底物的转化速率对群落结构的构建有重要影响,并且可以通过模型进行预测,这为理解自然群落的组装提供了新的视角,也为如何管理合成微生物系统提供了见解。
其他文献
本文以甘蔗渣生物质为原料,对其进行烘焙处理并对烘焙过程中的条件进行分析,研究烘焙样品与城市污泥混合燃烧中的燃烧特性,再运用响应面实验的方法优化两者混燃的条件,具体如下:在不同的烘焙温度(230、260、290)℃和保温时间(20、40、60)min的条件下对甘蔗渣进行烘焙处理,研究烘焙后生物质所表现的理化性质等,结果表明:随着烘焙温度的升高,甘蔗渣烘焙后的水分和挥发分含量降低,固定碳和灰分含量增加
学位
抗生素被广泛地应用于医疗和畜牧养殖等行业,然而其吸收利用率低,大部分以废物形式排放,最终进入水体和土壤中。抗生素化学性质稳定,在环境中长时间的累积会危害生态环境和人体健康。因此,有必要对废水中的抗生素进行深度处理。本文选取了一种具有高比表面积和多孔结构的叶山富锰褐铁矿,用于去除水中的四环素和诺氟沙星,考察了各种因素对抗生素去除的影响。并采用XRF、XRD、TEM、XPS、FT-IR、ESR等表征技
学位
自来水厂污泥直接排入环境将引发水体污染,导致生态环境失衡,含氮废水对水体环境破坏严重。为探究自来水厂污泥的资源化利用可行性,以合肥市某自来水厂脱水污泥为原料,添加生物炭及钠基膨润土,制备得到自来水厂污泥-生物炭基滤料(Waterworks sludge-biochar based filter material,WSBM),对其进行物理性质测定及表征分析,将其应用于曝气生物滤池(Biologica
学位
过硫酸盐高级氧化技术(PS-AOPs)由于其较高的氧化能力和较宽的p H适用范围,在难降解有机废水处理中受到了广泛的关注。然而,在PS-AOPs中,常见的过渡金属和碳基催化剂在使用中存在着金属浸出、成本较高或是效率较低的问题。因此,开发出一种廉价、高效的活化过硫酸盐材料具有重要现实意义。凹凸棒石等粘土材料对水体中的染料具有优异的吸附性能,然而,在吸附了染料后,凹凸棒石变成了一种有毒有害的固体废弃物
学位
电镀铬污泥具有成分复杂,毒性大且难于处理的特点,被列为我国危险废弃物名录第HW17号,不正当处置会严重危害人体健康和生态环境,同时其中的铬是一种金属资源,如何实现电镀铬污泥减量化、无害化、资源化成为研究的重点。为此,本文以安徽省六安市舒城县某电镀园区所产生的电镀铬污泥为主要研究对象,分别对高铬污泥(Cr:60.5%)、低铬污泥(Cr:40%)探索相应的资源化利用工艺。探究酸浸焙烧处理对高铬污泥中钠
学位
随着城市化的快速发展,城市降雨径流污染问题日益突出,老城区合流制排水系统的改造和城市内河初期雨水的控制成为了研究的热点和重点。本研究以合肥市城市内河十五里河流域为例,应用SWMM和MIKE11模型构建能客观反映模拟河段水动力、水质时空变化规律的模型,进而模拟分析不同处理措施的控制效能。研究的主要内容及结论如下:(1)根据雨水管网布置、历年降雨数据、土地利用类型等资料对研究区域进行管网概化及子汇水区
学位
磺胺甲恶唑(sulfamethoxazole,SMX)是一种典型的药物和个人护理品(pharmaceuticals and personal care products,PPCPs),在各类水体中被广泛检出,传统的污水处理方法难以将其完全去除。介质阻挡放电(dielectric barrier discharge,DBD)等离子体作为一种新兴的高级氧化技术,因其放电稳定且能够产生有效降解污染物的强
学位
搬迁遗留下的污染场地中土壤、地下水及土壤气常存挥发性有机物污染,严重危害生态环境及人体健康。然而目前调查注重土壤中污染物浓度,对地下水及土壤气中挥发性有机污染物调查关注度不够,且传统的实验室检测分析难以满足迁移性强的挥发性有机污染物日常监管要求,不能及时掌握污染状况。因此为了快速、准确、全面的掌握场地污染物动态变化,为后续的精细化修复和日常风险管控提供有力支撑和依据。本文研究了污染场地挥发性有机物
学位
城市污泥和小麦秸秆是典型的固体废弃物,产生量大且较难处理,通过合理的处理处置可以实现固体废物的减量化和资源化。本文以污泥和小麦秸秆为原材料,探讨了水热炭化预处理方法制备共水热炭化产物的燃烧性能及燃烧过程中的污染物排放特性、重金属挥发释放规律。在220℃条件下处理得到的污泥水热炭,其热值由原样品的9.21 MJ/kg增加到12.36 MJ/kg。且经过水热处理的样品燃烧时,着火温度有所升高、而失重率
学位
氮氧化物(NOx)的排放是我国在快速的社会发展中不得不面对的大气污染问题之一,氨选择性催化还原(NH3-SCR)在解决此类大气问题和保护大气环境方面有着重要的意义。Fe VO4因其具有较高的N2选择性、优异的NH3-SCR活性、以及良好的H2O/SO2耐久性,从而被视为传统V2O5催化剂的替代品受到了相当大的关注。本文致力于研究过渡金属(锰和铈)改性Fe VO4制得高活性NH3-SCR催化剂,并深
学位