随着我国国企改革的不断深化和建立现代企业制度工作的推进，企业治理问题已成为人们关注和研究的焦点。在经济学研究的基础上，本文依据系统科学的原理，用系统分析的方法来分析研究企业治理问题，是一个全新的角度。研究发现企业治理作为企业这一经济组织及其运动的主要内容，本身所具有系统所必要的特征，即企业治理系统，其与企业管理系统、企业生产技术系统共同构成企业系统。构建企业治理系统是本文研究创新的又一重要内容。本文认为企业治理系统是由所有者子系统、经营者子系统及其相互关系（运动规则）构成的。企业治理系统理论即为研究企业治理系统构成、特征、环境及运动规律的理论总和。对企业治理系统及各子系统、系统与环境运动及相互关系的研究构成了企业治理系统理论体系。企业治理系统的目的性表明，企业治理的目的是实现企业决策最优化和各方利益的最大化；其整体性和相关性是指企业治理系统是一个整体，各组成部件之间是相互联系、相互合作、相互制约的，在强调所有者与经营者制约、制衡的同时，也必须看到其最根本的合作；开放性及自组织性说明系统与环境的交互作用，既要注重企业自身因素，也要看到环境对企业的影响，同时企业治理系统是一个复杂适应系统。以上观点组成了企业治理系统的理论框架。论文还运用企业治理系统理论对我国国企改革进行探讨，认为企业改革必须强调整体推进，在建立现代企业制度的同时，必须更加关注企业的技术改造和经营管理水平的提高，以及企业外部市场的完善。在企业治理模式上，任何形式的照抄照搬和一刀切都是无益的，必须在基本原则的前提下，探讨符合中国国情和企业特点的治理模式。