蒙古扁桃（Prunus mongolica Maxim.）为蔷薇科李属多年生旱生灌木,属于国家三级保护植物。蒙古扁桃具有极强的抗旱、耐旱、耐瘠薄特性，是荒漠地区水土保持植物和景观植物。了解蒙古扁桃的遗传多样性对其种质资源的保护具有十分重要的意义。本文利用等位酶分析技术，研究了内蒙古西鄂尔多斯自然保护区、九峰山萨拉齐段、阿拉善左旗巴彦诺尔公苏木、阿拉善左旗吉兰泰镇的4个野生蒙古扁桃居群的遗传多样性。测定了过氧化物酶、过氧化氢酶、细胞色素氧化酶、超氧化物歧化酶、α-淀粉酶、酯酶、磷酸化酶、抗坏血酸氧化酶、酸性磷酸酶、苹果酸脱氢酶等10种等位酶系统的20个位点的35个等位基因，利用SPSS11.5软件对实验数据进行聚类分析，得出的结论如下：1.蒙古扁桃等位基因平均数(A)为1.8333，多态位点百分数(P)为76.67%，等位基因有效数为(Ae)1.9172，平均每个位点的预期杂合度为0.3716，实际杂合度为0.6421，实际杂合度是预期杂合度的1.7倍，由此可见蒙古扁桃居群的近交现象不严重。固定指数(F)为0.3917，大于零，表示蒙古扁桃居群内杂合体缺乏，纯合体过剩。2.蒙古扁桃各个居群间的遗传多样性(DST)为0.0336，居群间的遗传分化系数(GST)为0.0690，接近于0.1。说明蒙古扁桃居群间的遗传变异占总的遗传变异的6.9%，而居群内的变异占93.1%。从此可以判断出蒙古扁桃遗传多样性几乎全部存在于居群内，居群间的分化水平较低，但居群间存在着一定的基因流，Nm值为4.022。3.根据居群间的遗传一致度和遗传距离，采用非加权算术平均聚类法对4个野生群体的聚类分析的结果表明：蒙古扁桃的各个居群间的遗传距离较近，从聚类图可以看出，在地理位置上较近的群体在遗传上聚在一起。如：吉兰泰和通格图先聚在一起最后与乌海居群聚在一起。这与地理分布的空间格局相吻合。4.从蒙古扁桃生长环境的降水量，海拔与遗传多样性指标的相关性分析可以得出，蒙古扁桃的遗传多样性受海拔高度和降水量的影响不显著。5．蒙古扁桃的遗传多样性指标判断出，蒙古扁桃具有较高的遗传多样性，因此生长环境的受损是导致蒙古扁桃濒危的主要原因，而不是自身遗传多样性的贫瘠而造成的。所以建立自然保护区，减少对生长环境的干扰是保护蒙古扁桃的主要对策。