甘蓝杂种致死基因BoHL1和BoHL2的精细定位及候选基因分析

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杂种致死是指亲本正常生长,而杂交种出现萎蔫、黄化、植株矮小,甚至死亡的现象,它属于一种合子后生殖隔离,对于物种进化具有重要意义。基于前人研究,对杂种致死基因BoHL1和BoHL2进行精细定位。并对定位区段内的基因进行候选基因分析,为实现甘蓝杂种致死基因的克隆和功能分析奠定基础。研究结果如下:1.甘蓝杂种致死基因的精细定位BoHL1精细定位:通过三元杂交方式(09-211×87-534)×09-222构建了5个大分离群体,利用InDel和SSR标记,将BoHL1定位在标记X594和X538之间,物理距离为70Kb;利用KASP标记将BoHL1进一步定位在K102和K107之间,遗传距离分别为0.04cM和0.01cM,物理距离为56Kb(C1:42801015-42857181)。BoHL2精细定位:基于前人定位结果,在HL234和HL235之间继续设计InDel标记,获得3个多态性标记,将BoHL2定位在L613和L618之间,物理距离为31Kb;利用KASP标记将BoHL2进一步定位在K201和L625之间,遗传距离分别是0.1cM和0.1cM,物理距离为27Kb(C4:46366966-46393632)。2.甘蓝杂种致死候选基因分析根据TO1000基因组的注释,BoHL1定位区段内包含17个基因,BoHL2定位区段内包含5个基因。通过基因功能注释分析、重测序分析和转录组测序分析,结合qRT-PCR以及基因扩增,我们将BoHL1定位区段内的Bo1g153250、Bo1g153270、Bo1g153280、Bo1g153320、Bo1g153330、Bo1g153380、Bo1g153400作为BoHL1的候选基因;BoHL2定位区段内的Bo4g173750、Bo4g173780、Bo4g173790作为BoHL2的候选基因。其中基因Bo1g153320、Bo1g153380、Bo4g173780不仅在功能上可能与杂种致死相关,且存在序列和表达差异,因此将其列为重点候选基因。3.杂种致死材料筛选鉴定2016-2017年,利用携带杂种致死材料09-211、09-222与其他自交系配制杂种组合,筛选鉴定出11份含杂种致死基因BoHL2的材料。
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