为了探明来自全国范围内芸薹根肿菌的遗传多样性,及其与Williams鉴别系统鉴定生理小种结果之间的关系。对100条ISSR引物以及13条RAPD引物进行筛选,筛选得到3条ISSR引物以及1条RAPD引物对来自全国的48株根肿菌进行扩增。3条ISSR引物对病原菌共扩增出44条带,多态性比例为97.73%,平均每条引物的多态条带数14.33。3条ISSR引物中引物889的多态性比例最小为94.11%,另外2条的多态性比例均达到100%。RAPD引物M05共扩增出16条带,多态性比例为100%。根据扩增条带图构建UPGMA聚类图。ISSR聚类图结果表明,48株根肿菌菌株之间的遗传相似系数范围为0.58~1.00。当遗传相似系数为0.5805时,48株根肿菌可分为类群Ⅰ以及类群Ⅱ。在不同的遗传相似系数水平上,类群Ⅰ的菌株又可被归为不同的亚类群。菌株的地理来源与其遗传背景相关性不大。ISSR聚类分析结果可以将11号生理小种与其它生理小种区分开来,但是却不能与生理小种的结果一一对应。RAPD聚类图结果表明,48株根肿菌菌株之间的遗传相似系数范围为0.5625~1.00。当遗传相似系数为0.5625时,48株菌株可分为类群Ⅰ以及类群Ⅱ。在不同的遗传相似系数水平上,类群Ⅰ的菌株又可分割为不同的亚类群。根肿菌的遗传背景与其地理来源之间没有必然的联系。RAPD聚类分析结果与根肿菌生理小种的鉴定结果之间没有明显相关联。从ISSR引物扩增出来的条带里选取9条保守片段进行胶回收,并进行克隆、转化以及阳性转化子的PCR验证,6条片段成功转化,转化成功的菌液送去测序,再根据测序结果设计SCAR引物,对48个根肿菌DNA进行PCR扩增,两条片段的引物不能得到清晰单一条带,推测这两条片段基因可能在根肿菌基因中多处存在,另外4条片段的SCAR引物引物可以得到单一清晰条带,作为保守序列,这4条片段可能与根肿菌功能基因相关,也可作为根肿菌分子鉴定的引物。