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长江口是我国最大的河口,受人类活动影响,物种的多样性日趋下降。近几年的渔业资源调查表明,虾虎鱼科鱼类在长江口占据优势地位,是水域生态系统中物质循环和能量传递的重要一环,对维持河口的生态平衡具有重要意义。早期资源的数量是种群补充量的决定因素,而目前国内对长江口分布的虾虎鱼科鱼类早期资源的研究很少。本论文通过5月、8月对长江口的两次采样调查,拟对七种虾虎鱼类早期资源的种类鉴定与分布特征进行研究。首先通过对七种虾虎鱼成鱼的分子与形态鉴定来确定线粒体细胞色素C亚基I (COI)在分类中的有效性;然后利用COI基因作为DNA条形码对七种虾虎鱼类的早期资源进行分子鉴定；结合显微拍照技术,描述七种虾虎鱼类早期资源的形态特征,总结概括得出虾虎鱼类早期资源的分类鉴别特征,应用到野外调查,初步完成对长江口的七种虾虎鱼类早期资源的分布特征的研究,主要研究结果如下：(1)基于COI基因的条形码对长江口七种虾虎鱼类种类鉴定的有效性：获取长江口分布的七种虾虎鱼的COI序列,测序知序列的长度为650bp左右,与NCBI中已有的COI序列比对,得到99%-100%的序列确认度。通过MEGA5.0计算七种虾虎鱼类的种间遗传距离,种间遗传距离的平均值(0.23)超过种间的临界值(0.20)。构建系统进化树,系统进化树上同种鱼的不同个体聚为一支,对非同种的鱼可进行有效的区分,说明COI基因可以对长江口虾虎鱼科鱼类进行有效的分类鉴定。(2)长江口七种虾虎鱼类早期资源的分子鉴定与形态分析：七种虾虎鱼类早期资源的COI序列与NCBI数据库及已获取的虾虎鱼科成鱼的COI序列进行比对,综合比对结果,七种虾虎鱼科鱼类的早期资源可以鉴定到种。描述各种虾虎鱼早期资源的形态特征,结合已有的研究结果,筛选出用于分类的检索信息有：鳔上色素的有无、消化道上色素点的性状、数量及所在位置、头长与体长的比例及口裂的大小等。(3)长江口七种虾虎鱼类早期资源的分布特征：统计七种虾虎鱼类早期资源在17个站位的数量分布,结合温度、盐度两个环境因子,发现七种虾虎鱼类的早期资源在长江口北支较南支分布更多,而北支的水体交换要弱于南支,说明水体交换的程度对虾虎鱼类早期资源分布具有一定影响。综上所述,本研究首先通过获得七种长江口虾虎鱼科成鱼的线粒体COI基因序列,分析其在虾虎鱼科物种分类的有效性;然后利用COI基因对七种虾虎鱼科鱼类的早期资源进行种类鉴定,并进行形态描述,总结形态分类检索信息；最后,结合形态特征与COI基因的分子鉴定方法,对七种虾虎鱼科鱼类的早期资源进行种类鉴定和分布特征研究。该研究在一定程度上解决了长期以来基于形态观察对虾虎鱼科鱼类早期资源种类鉴定的困难和不确定性,为进一步研究长江口的虾虎鱼科鱼类早期资源的时空分布、资源评估、早期补充机制等提供了新的思路和方法。