本文以马克思主义经济学理论为指导,综合运用制度经济学、社会保障经济学、卫生经济学等理论和方法,对农村合作医疗制度进行了专门、系统的经济理论分析。首先,系统地回顾了社会保障基本理论和国内外关于农村医疗保障、农村合作医疗制度的研究成果。其次,从纵向角度详细地考察了农村合作医疗的变迁过程,剖析了农村合作医疗成败的内外制度因素,阐述了现阶段实行新型农村合作医疗制度的重大现实意义。再次,从横向角度总结了部分发达国家、发展中国家农村医疗保障制度的经验,确立了我国新型农村合作医疗制度的社会医疗保障(保险)的基本模式和“预防与治疗”相结合的医学模式。第四,在回顾医疗保障公平理论的基础上,确认在公平与效率辩证统一关系前提下,新型农村合作医疗制度应注重公平性。并运用泰尔指数(TI)、基尼系数(Gini)、统计图表等分析工具,对农村合作医疗制度外和制度内的不公平性进行了实证与理论相结合的分析。第五,分析农村合作医疗制度的运行状况和效果,包括农村合作医疗保障水平、农村医疗服务的供求水平、农村合作医疗的资金筹集和费用支付水平。第六,运用政府社会性规制基本理论,结合规制理论与实践发展趋势及我国国情,探讨确立新型农村合作医疗制度“政府适当规制”的目标模式,构建完整的政府规制体系。论文的目的就是要建立立足现在,面向未来,注重公平、良性运行和政府适当规制的中国特色新型农村合作医疗制度,实现新型农村合作医疗调整、改革和完善的制度创新,保证新型农村合作医疗制度可持续发展。