口足类(Stomatopoda)是重要的海洋底栖动物类群,大多数生活在地球的热带、亚热带、温带的近海海域,中国近海海域是口足类非常重要的地理分布区域。其中,口虾蛄(Oratosquilla oratoria)是广泛分布在整个中国近海四大海域的口足类物种,这为探讨我国浅海口足类动物的分子系统地理学提供了基本条件。本研究以中国近海15个地理种群的口虾蛄为研究对象,通过核基因、线粒体基因和形态学指标探讨了在经历长期了历史气候、洋流和海洋环境变化影响下的中国近海口虾蛄及同域分布其它物种的遗传分化、种群结构及进化历史。研究结果显示:渤海是我国近海四个海域中虾蛄资源多样性水平较低的区域,而南海海域的遗传多样性则相对较高,且南北海域间已经发生了显著地遗传分化,南北海域间口虾蛄种群具有典型的分子遗传结构,有六个形态特征经统计检验南北差异明显,而北方三个海域间的口虾蛄种群分子水平上未发生明显的遗传分化;隔离—扩散模型得出南、北海域口虾蛄祖先类群发生过长期的地理隔离事件,推测南北海域间不同的洋流特征是造成遗传分化的重要原因;从南北支间分歧时间来看,支间分化时间在喜马拉雅造山运动形成台湾岛后,推断板块运动导致岛屿形成及边缘海结构变化是减弱南北间基因流的另一个重要因素;同时研究认为边缘海的形成(如日本海)是导致一些淡水物种种群异域分化的重要原因;根据我们的研究结果未得出长江淡水流、黄河淡水流、珠江淡水流等与沿岸流汇合时形成羽状锋和切变峰是造成中国近海口虾蛄南、北遗传分化的主要原因;结合系统发生树、支间分歧及祖先推断、隔离与扩散模拟等结果,认为现生口虾蛄的北方祖先类群来自于黄海海域,南方祖先来自于南海或更远的东南亚海域而后扩散到南海海域,并且古老口虾蛄祖先支在历史上均经历过种群的快速扩张事件,估算的种群快速扩张时间(0.05—0.1 Myr)与第四纪末的冰期—间冰期时中国海平面大幅度的上升与下降时间段吻合,我们推断间冰期的气温升高引起海平面的快速上升是造成快速扩张的主要原因;对中国近海同域分布海洋物种的比较分子系统地理学研究,我们认为尽管经历了相同的历史地理事件和极端气候影响,不同海洋物种的分子地理格局存在显著差异,推断在相同洋流和历史事件的影响下,物种的游泳能力差异及生活史是造成不同分子地理格局的重要因素。口足类与胸孔类是同域分布在中国近海的海洋甲壳动物类群,共同经历了近海的历史变化过程,为了将来能够选择合适的种属来开展中国近海口足类与胸孔类的比较分子地理学研究以验证口足类研究的相关结论,我们首先通过分子系统学和形态学方法对胸孔类高阶元的系统分类上存在的诸多问题进行了探讨,为将来开展胸孔类的分子地理学打下基础。二十世纪八十年代,胸孔类(Thoracotremata)下设7个总科:地蟹总科(Gecarcinoidea)、方蟹总科(Grapsoidea)、和尚蟹总科(Mictyroidea)、豆蟹总科(Pinnotheroidea)、六足蟹总科(Hexapodoidea)、沙蟹总科(Ocypodoidea)和膜壳蟹总科(Hymenosomatoidea);至九十年代,豆蟹总科、膜壳蟹总科、六足蟹总科依次被移归异孔亚派(Heterotremata);而地蟹科(Gecarcinidae)被归入方蟹总科,和尚蟹科归入沙蟹总科,猴面蟹科(Camptandrioidae)从沙蟹总科中分出成立猴面蟹总科(Camptandrioidea)。针对胸孔类形态分类上的诸多问题,本研究以异孔类的梭子蟹为外群,用分子系统学重构了胸孔类10科24个物种间的系统发生关系,研究结果支持胸孔类中隐螯蟹总科(Cryptochiroidea)、豆蟹总科(Pinnotheroidea)、方蟹总科(Grapsoidea)、沙蟹总科(Ocypodoidea)等四个总科的有效性;同时,基于本研究分子数据建议将大眼蟹科提升为大眼蟹总科(Macrophthalmidea),并且沙蟹总科与方蟹总科之间分化明显;主张沙蟹总科分为沙蟹科(Ocypodidae)、毛带蟹科(Dotillidae)、地蟹科(Gecarcinidae)三个科,其中地蟹科分类地位位于沙蟹科与毛带蟹科之间;同时沙蟹科分为沙蟹属(Ocypode)与招潮蟹属(Uca);毛带蟹科分为毛带蟹属(Dotilla)、泥蟹属(Ilyoplax)、股窗蟹属(Scopimera)、背脊蟹属(Deiratonotus)。支持方蟹总科分为方蟹科(Grapsida)、弓蟹科(Varunidae)、相手蟹科(Sesarmidae)三个科;同时,方蟹科分方蟹属(Grapsus)和厚纹蟹属(Pachygrapsus),相手蟹科分相手蟹属(Sesarma)、泥毛蟹属(Clistocoeloma)、蜞属(Gaetice)、切腹蟹属(Tmethypocoelis)四个属;上述结论得到了胸孔类第一触角电镜扫描特征的进一步佐证。