自2001年加入WTO以来，中国企业正在以积极的姿态参与到全球经济中，跨国并购规模日益增大。对于一个新兴的市场经济体，要在全球的并购浪潮中站稳脚跟甚至取得佳绩，中国企业这一路必定风雨兼程。2008年由美国开始的金融危机席卷全球，给西方国家的虚拟与实体经济带来了沉重的打击，不少西方企业出现资金链断裂，企业价值贬值，并购门槛降低，并购成本减少。我国企业以此为契机，加紧了跨国并购的步伐。然而，在跨国并购的过程中我国企业遭遇到了很多阻碍。除了国家政治、文化风险等外部环境因素以外，不少内部因素也影响到了跨国并购绩效的实现，股权结构便是一个重要的内部因素。我国企业历史遗留问题严重，虽然在股权分置改革后有所改善，潜在问题依然突出，不完善的股权结构无疑给我国企业在跨国并购中造成了一定的影响。股权结构中存在的问题使得我国跨国并购中出现了代理人侵害委托人利益的委托代理问题，大股东侵害小股东利益以及并购后整合失败等问题，然而我国学者关于股权结构对跨国并购绩效影响的研究相较于国内并购却很少。因此，本文以股权结构为切入点，以国内外理论研究为基础，分析股权结构中的流通股比例、第一大股东持股比例、股权制衡度、第一大股东类型和管理层持股比例这五个因素对我国企业跨国并购绩效的影响。与现有的研究不同的是笔者在运用事件法对企业跨国并购后的短期绩效进行评价进而进行回归分析时发现企业流通股比例与短期绩效的变动额正相关，说明企业流通股可能对并购的短期宣告绩效有放大作用。建议在非流通股上市的过程中要注意循序渐进，切忌操之过急，加强证券市场的监管力度。运用主成分分析法将设定的财务指标体系进行了降维，得出企业长期财务绩效的综合评分，运用多元回归分析得出企业跨国并购的第一年第一大股东比例、股权制衡度、第一大股东属性以及管理层持股比例与企业并购后的长期绩效不具有显著相关关系，并购第二年，并购企业的第一大股东比例与第一大股东属性与并购绩效呈现了负相关关系，与国内并购不同的是，股权制衡度和管理层持股比例与跨国并购第二年的长期绩效并无显著相关关系。由此得出结论，第一大股东持股比例越高，企业跨国并购的长期绩效越差，第一大股东属性为非国有的企业，跨国并购的长期绩效越好。基于此，笔者提出减少第一大股东持股比例以及推进国有股的改革有助于提高我国企业跨国并购长期绩效的建议，同时，注重培养机构投资者，作为国有股的理想受让人。