改革开放以来，尤其是随着我国经济社会发展进入新时期，我国哲学和社会科学研究事业蓬勃发展。但近年来，多起发生在学术领域的学术不端、科研成果造假、科研经费腐败及科研投入产出效率低下等问题，持续受到媒体和社会的广泛关注。作为我国学术界重要组成机构之一的地方社科院系统，同样存在学术不端、学术造假、科研经费滥用等一系列激励不相容现象和问题，科研经费投入的产出及效率较低。本文从我国地方社科院系统现实运作的模型出发，引入委托代理理论和激励相容理论，为我国地方社科院机构运营找到了理论分析框架，为其科研管理工作中的激励不相容问题找到成因，即这些激励不相容问题的产生，是由我国地方社科院机构性质限制下所采取的一系列制度安排造成。本文以J省社会科学院为例，从科研管理工作中的年度科研业绩评价、职称晋升、科研经费使用三个角度，选取工作中真实发生的三个案例，分析社科院在科研管理中三个层面的激励不相容问题，即：基于授权限制的代理人合谋导致激励不相容、基于机构性质及专业技术岗位比例结构约束导致的道德风险、基于经费来源及使用约束的激励不相容。在J省社科院公益一类事业单位的机构性质大前提下，其所采取的政府机构管理模式，使得社科院从科研管理、职称晋升、人员退出到经费使用等方面处处受到限制，内部合谋、道德风险及经费滥用的现象屡屡发生。参考我国社科院系统现实运作的模型，得出J省社科院科研管理激励不相容问题的产生有着深层次的体制机制原因，以及在现行体制安排下一些问题将必然发生的客观现实。对此，本文从地方社科院系统未来改革方向角度，提出了三条对策建议：一是要明晰社科院机构职能定位，改革和完善对社科院及科研人员的绩效考核评价标准；二是要推动社科院去行政化，同时调整内部职能分工及完善监督体系；三是要稳定经费来源并创新管理方式，以激发科研人员积极性和创造性。这些对策建议将指引我国地方社科院系统改变现有管理模式，助力我国哲学社会科学研究繁荣发展。