【摘 要】
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为了能够对海南本地甘薯羽状斑驳病毒（sweet potato feathery mottle virus,SPFMV）种群株系及基因组结构进行清楚了解,本研究利用Small RNA测序技术对采自海南的甘薯样品进行鉴定分析,获得与SPFMV序列具有相似性的85个contigs,与NC＿001841相似性较高。试验设计了5对引物,分别为SPFMV-1F/1R、SPFMV-11F/1R、SPFMV-2F
【基金项目】
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海南省重点研发计划-海南甘薯主要病毒鉴定及主栽品种高效脱毒技术体系研究（ZDYF2019030）
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为了能够对海南本地甘薯羽状斑驳病毒（sweet potato feathery mottle virus,SPFMV）种群株系及基因组结构进行清楚了解,本研究利用Small RNA测序技术对采自海南的甘薯样品进行鉴定分析,获得与SPFMV序列具有相似性的85个contigs,与NC＿001841相似性较高。试验设计了5对引物,分别为SPFMV-1F/1R、SPFMV-11F/1R、SPFMV-2F/2R、SPFMV-3F/3R和SPFMV-3F/33R,经过PCR扩增分别获得3987bp、3710bp、1996bp、3369bp和4730bp目的片段。进行序列分析后再次分段设计引物,进行SPFMV基因全序列PCR扩增,最终拼接获得包含完整编码阅读框的SPFMV-HN基因组全序列。序列分析结果表明,SPFMV-HN的基因组全长为10820核苷酸（Gen Bank登录号:MN852852）,在该分离物基因组5’和3’UTR部分分别含有117和221个核苷酸,3’末端具有一个包含30bp的poly（A）尾序。属于典型的Potyvirus属病毒基因组结构,且只有一个大的开放阅读编码框,由10446个核苷酸组成,其翻译出3494个氨基酸组成的的多聚蛋白。本研究首次报道了SPFMV海南分离物基因组全长序列,并且在P1区预测到另一个外框元件（pretty interesting sweet potato potyviral ORF,PISPO）,聚合酶滑移机制可以产生带有额外核苷酸的转录变体,这些核苷酸可以翻译为P1N-PISPO和P3N-PIPO。随着恒温扩增技术的不断发展,其中重组酶聚合酶扩增技术（RPA）因有着简单、快速、敏感性高及特异性强等多重优点,受到国内外研究人员的广泛关注。本研究以此原理为基础建立了快速检测甘薯羽状斑驳病毒SPFMV的荧光探针和侧流层析试纸条两种RPA检测方法。其中荧光探针RPA检测方法每个反应灵敏度为100拷贝,相比较传统实时荧光定量PCR方法来说,在大田样品检测中的检出率为94%。试纸条RPA方法灵敏度为10拷贝/反应,相比较传统实时荧光定量PCR方法来说,在大田样品检测中的检出率为97%。
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