鸡lncRNA-pouBW1基因鉴定及其SNP多态性研究

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家禽的生长速率一直是科学工作者研究的热点。本实验室在前期研究固始鸡和安卡鸡生长速度的过程中,发现了一个新基因。为了进一步研究该基因的生物学特性及功能,本研究首先通过连接T载体对该基因进行了分子克隆,利用实时荧光定量PCR(Quantitative real-time Polymerase Chain Reaction,qPCR)研究了其在鸡体内的组织表达情况,并在固始鸡-安卡鸡F2代资源群对该基因进行了SNP多态性与经济性状的关联分析。得到了如下试验结果:①克隆得到了该lncRNA基因的长918bp的完全开放阅读框((open reading frame,ORF),并将克隆得到的序列提交至GenBank(accession no.KP147948),命名为pouBW1基因。通过生物信息学分析,发现该基因不含内含子结构,属于lncRNA家族,且位于鸡的2号染色体上;然后在NCBI中进行该基因的同源性比对,仅仅在鸡体内发现了该基因的存在。②对鸡的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、胸肌和腿肌等十四种组织进行了定量分析,结果显示该基因在鸡体内呈广泛性表达,在脾脏和肺脏中的相对表达量最高,在胸肌和腿肌中的相对表达量最低。通过分析还发现各组织在6周龄和16周龄的表达量比1日龄低,并在腿肌和胸肌等组织中达到了显著水平。③通过DNA混池扫描鉴定发现了两个SNP位点:n.594C>T和n.830G>A,与固始鸡-安卡鸡F2代资源群经济性状、血液指标性状进行关联分析及连锁不平衡分析发现,该基因与鸡的初生重、4周龄体重、6周龄体重及腿肌重等显著相关,且AA型个体的4周龄体重、6周龄体重和腿肌重显著高于GG型。通过以上的试验研究发现,该基因对鸡的体重有显著的影响,并且在安卡鸡腿肌中表达较固始鸡低,另外,在腿肌中的表达量低,但是在固始鸡和安卡鸡中的表达量差异显著,且与鸡的腿肌重显著相关,所有的试验结果都支持这样一个假说:pouBW1基因在鸡体内通过负反馈调节方式发挥作用,仍需要进一步证实。
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