西藏林芝地区位于雅鲁藏布江中下游，平均海拔3100m以上，是我国第三大林区。由于近年来我国实行天然林保护工程，使当地依靠采伐林木的传统经济受到严重冲击。但为当地发展经济，增加农牧民收入，在大力保护森林资源的前提下，开发林下产业无疑是最好的选择。林芝地区的农牧民很早就有椴木栽培黑木耳的经验，但椴木栽培对资源浪费大，产量低，经济效益不明显。为改变当地的传统栽培观念和大力发展现代黑木耳产业的需求，本文主要从黑木耳栽培技术的优化，优良菌种的筛选和分子鉴定这三个方面进行了研究。在对黑木耳栽培技术优化的研究中，首先对高海拔地区黑木耳栽培种的培养基组分进行了优化，得到青冈木屑78%、麸皮22%、石灰1%、石膏1%，含水量62%的最佳培养基组分和20℃的最佳培养温度。确定了高原灭菌的最佳灭菌时间为9h以及在栽培管理阶段的最适下地时间在4月上旬，同时确定了最佳口形“∣”、最佳口数140个的划口组合。适合高原栽培优良菌株的筛选试验中，对在林芝地区不同地点采集到的10株优良野生菌株，进行分离纯化和细胞亲和性试验，得到8株独立菌株，并对8个菌株进行逐级扩培和出耳栽培试验，通过对各级菌种的长势、长速以及栽培种子实体的商品性能等指标进行了比较分析，最终确定西藏6号和西藏7号为最优菌株。在对优良菌株的鉴定中，采用了ITS序列分析法，对得到的优良菌株西藏6号、西藏7号进行分子鉴定。使用CTAB法提取了两个菌株的基因组。使用真菌ITS通用引物进行PCR扩增并成功克隆其ITS序列。通过与NCBI nr数据库的在线比对，并使用MEGA5.0绘制NJ分子进化树。结果表明西藏6号、西藏7号均为木耳属黑木耳种。本文优化得到了一种适合林芝地区的黑木耳栽培方法，并运用该方法筛选得到了2株适合林芝地区栽培的黑木耳菌种并通过分子鉴定确定为黑木耳种。本项目的完成，对发展林芝地区黑木耳产业，增加当地农牧民收入，不断满足国内外市场需求，具有重大的现实意义。