南水北调中线工程是我国具有重大战略意义的水利民生工程,从2014年12月正式调水至今,已向京津冀豫等地供水超过100亿立方米,有力保障了华北地区生产生活用水的稳定和经济社会的发展。但对于水源地来说,一方面其特殊的生态功能定位在一定程度上限制了城市扩张和经济发展,另一方面繁重的生态环境建设又需要投入大量资金,水源地经济发展与环境保护之间的矛盾日益激烈。本文在梳理生态补偿领域研究的基础上,选取南水北调中线工程水源地丹江口市的生态补偿资金问题进行研究,希望能为缓解南水北调中线工程供水区资金问题,提高供水效率,保持整体项目的长远发展提供一定的借鉴意义本文在研究中选取合适指标对丹江口市在生态环境建设方面实际可用资金收入和支出的情况分别进行了分析,测算出十三五规划期间该市年均最低生态补偿资金的缺口,并论述了资金不足带给供水区、受水区双方的不利影响。最终结合理论和案例实际给出了“加大重点生态功能区转移支付力度”、“设立调水生态补偿资金”、“推进PPP模式规范运作”、“申请专项债券或其他机构低息贷款”等四条筹资建议。通过对每种筹资方式的可行性分析,建议其他调水区域结合自身情况,组合使用筹资建议,达到解决资金问题的最优效果。