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髭鲷属(Hapalogenys)鱼类隶属于鲈形目，鲈亚目，石鲈科，是世界性温热带近海鱼类。髭鲷属具有明显的地域分布特征，已经成为研究鱼类系统发生关系、起源与进化的良好材料，而到目前为止髭鲷属鱼类在鲈亚目中的分类地位仍然没有明确。因此，本研究测定4种鲈形目鱼类线粒体全序列，并分析其基因组编码区和非编码区序列特征，同时我们基于62条线粒体基因组全序列应用最大似然法和贝叶斯法来讨论髭鲷属在鲈亚目的分类地位问题，并结合松散分子钟推算鲈形目鱼类的起源时间，期望为鲈形目鱼类起源分化积累理论材料。主要研究结果如下：(1)本文测定4种鲈形目代表鱼类(横带髭鲷，六带线纹鱼，花瓣鯧和矛尾虾虎鱼)线粒体基因组全序列，并对其线粒体基因组进行结构分析。结果发现其线粒体基因组中碱基组成及基因排序与大多数的硬骨鱼一致，较为保守，但在横带髭鲷线粒体基因组中缺少tRNA-Pro基因。4种鱼类线粒体基因组长度差异较大，主要是由于控制区长度变化所引起的。轻链复制起始区(OL)均能形成稳定的茎环二级结构，其臂结构存在三种保守序列：5’-GCCGG-3’，5’-TCCGG-3’以及5’-GCGGG-3。多数物种识别了终止结合序列区，同时发现中央保守区和保守序列区变异较大，且在所研究的鲈形目鱼类线粒体基因组中还发现不同程度的缺失。(2)本研究基于62个线粒体基因组全序列通过最大似然法和贝叶斯法构建髭鲷属分子系统发育树。结果显示髭鲷属(Hapalogenys)单独从石鲈科(Haemulidae)分离出来，与龙占鱼科(Lethrinidae)，鲷科(Sparidae)聚在一起，未能与其他属一起构成石鲈科(Haemulidae)，此外石鲈科(Haemulidae)却与银鳞鯧科(Monodactylidae)构成了姐妹群。这一结果支持髭鲷属(Hapalogenys)应从石鲈科(Haemulidae)分离出来，并且髭鲷属更名为髭鲷科。(3)采用松散分子钟约束分析方法估算出鲈形目鱼类的分化时间是在侏罗纪时期，距今160百万年前，这一结果要比化石记录结果古老很多。另外鲈形目若干科类群的辐射进化时间发生在白垩纪和第三纪之间，这一时期内的气候变化对鲈形目若干科鱼类进化有一定影响。