基于长距PCR扩增及保守引物步移法测定并注释了地山雀(Pseudopodoces humilis)、黄腹山雀(Parus venustulus)和红头长尾山雀(Aegithalos concinnus)线粒体全基因组序列,并联合GenBank已收录的鸟类线粒体全基因组的数据和本室已测5种雀形目鸟类,以线粒体蛋白质编码基因作为分子标记,研究了雀形目鸟类的系统发育关系,并探讨不同数据集对系统发育关系的有效性。主要结果如下：1、地山雀、黄腹山雀和红头长尾山雀线粒体全基因组长度分别为16809 bp、16780 bp和17926 bp；均编码13个蛋白质基因(COⅠ-Ⅲ、Cyt b、ATP8、ATP6、ND1-4和(ND4L),22个tRNA基因,2个rRNA和1-2个A+T富集区,其中地山雀与黄腹山雀为一个A+T富集区,而红头长尾山雀则含有两个A+T富集区。2、3种鸟类线粒体全基因组的碱基组成A+T偏向性无明显统计学差异。其中,红头长尾山雀A+T偏向性程度最高,A+T含量为54.1%,黄腹山雀最低,A+T含量为52%,地山雀居中,为52.9%。3、3种鸟类起始密码子方面：除地山雀和红头长尾山雀的COⅠ基因起始密码子为GTG外,3种鸟类的其余蛋白编码基因起始密码子均为典型的ATG；终止密码子方面：除COⅢ和ND4基因为不完全的终止密码子T外,其他蛋白编码基因均为完整的终止密码子,并且为典型的鸟类终止密码子TAA,AGG,AGA和TAG。4、3种鸟类的tRNASer(AGN)基因均缺失DHU臂,其余均能形成典型三叶草型二级结构。3种鸟的tRNA二级结构中均有一定数目碱基错配的现象发生,大部分为G-U错配。5、3和鸟的srRNA和lrRNA基因全序列的二级结构预测发现,rRNA的二级结构十分保守：srRNA二级结构均包含四个结构域,47个茎区；lrRNA二级结构均包含六个结构域,60个茎区。6、对17种鸟类线粒体ND3基因序列174位点进行了比对分析研究,发现13种雀形目鸟类线粒体ND3基因174位点处均无碱基胞嘧啶的插入。7、确定了13种雀形目鸟类的AT富集区的中央保守区,同时对CSB-1结构域进行了分析,发现雀形目鸟类控制区CSB-1结构域较红原鸡相比均多出一段长度为18-20bp的插入序列。8、将线粒体全基因组中蛋白质编码基因分成3个数据集对雀形目鸟类进行了系统发育分析：所得结果支持将鸟类分成鸣禽亚目和亚鸣禽亚目两大类；支持将鸣禽亚目划分成鸦小目和雀小目；支持将长尾山雀属单列为科；确定莺总科并非为单系；建议将琴鸟科归为鸣禽亚目的鸦小目；验证地山雀并非与鸦科亲缘关系较近。