圆口铜鱼(Coreius guichenoti Sauvage et Dabry)主要分布在长江上游，是长江上游地区主要的经济鱼类之一。近年来，由于水工建设、环境污染、过度捕捞等因素影响，圆口铜鱼资源量呈下降趋势，而且，正在修建的三峡大坝将会对这一物种产生更大的影响。目前，对圆口铜鱼遗传结构、种质资源状况知之甚少。本研究首次利用9个自行开发的多态性微卫星标记以及线粒体DNA控制区(mtDNAD-loop)序列的多态性分析了长江流域宜宾江段、巴南江段、涪陵江段和忠县江段四个圆口铜鱼群体的遗传结构。主要研究结果如下：通过磁珠富集的方法分离圆口铜鱼的微卫星DNA。挑取54个阳性克隆经测序，有39(72.22％)个含有微卫星序列，完美型共有22个，占56.41％；非完美型共有7，占17.95％；复合型有10个，占25.64％。设计了39对微卫星引物，经PCR筛选，发现有23对能够稳定清晰地扩增出目的DNA带，但只有9对引物在圆口铜鱼中出现多态。用9个多态性微卫星标记对四个圆口铜鱼群体进行PCR扩增，共检测到48个等位基因，平均每个座位的等位基因数为5.3个；宜宾、巴南、涪陵及忠县的圆口铜鱼群体的平均期望杂合度(He)分别为0.728、0.598、0.629和0.673；平均观测杂合度(Ho)分别为0.753、0.649、0.631和0.651；平均多态信息含量(PIC)为0.670、0.538、0.568和0.610。4个群体内平均有效等位基因数在1.3626～6.9264之间；Hard-wenberg平衡检测结果显示只有宜宾群体的平均P值小于0.05，偏离Hardy-wenberg平衡，而且4个群体在9个位点上，大多都偏离Hardy-Wenberg平衡(P＜0.05)；4个群体的Nei氏遗传距离及遗传相似性系数的结果是，忠县和涪陵遗传距离最近(0.1449)，遗传相似性系数最大(0.8651)，宜宾和巴南遗传距离最远(0.2900)遗传相似性系数为0.7483。分子变异分析(AMOVA)结果显示，87.84％的遗传变异来自群体内部，12.16％的遗传异来自群体之间，固定指数Fixation Index(FST)结果为0.12158，这说明圆口铜鱼群体遗传结构存在一定的遗传差异。采用PCR技术对上述4个圆口铜鱼群体的线粒体DNA(mtDNA)D-loop进行扩增并测序，研究圆口铜鱼D-loop序列多态性。测定了132尾圆口铜鱼mtDNAD-loop 923bp的DNA序列，共检出18个多态位点，28种单倍型，T、C、A、G四种碱基的平均含量分别为30.8％、21.5％、34.0％、13.7％，且A＋T的含量(64.8％)明显高于G+C的含量(35.2％)。基因突变以转换为主，有两处插入或缺失。平均单倍型多样性指数(h)和核苷酸多样性指数(p)分别为0.902±0.014和0.00424±0.00017，四个群体之间的遗传距离在0.00529-0.00656之间，28种单倍型的UPGMA分子系统树分支不明显；用AMOVA分析方法检测群体间及群体内部的遗传变异，结果为：圆口铜鱼遗传变异有99.17％来自群体内部，只有0.83％的遗传变异来自群体之间，固定指数为0.00831。这一结果表明，各群体之间的遗传变异不明显，即圆口铜鱼群体未出现种群分化。