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早在两亿年前的三叠纪晚期,巨大的恐龙在陆地上横行的时候就已经出现了龟鳖类动物的影子。根据爬行动物数据库（reptile-database）的记录来看,已记载并被命名的龟鳖类动物共361种。龟鳖类动物的栖息地随着人类对环境的大肆破坏而渐渐消失,又因为其他种种原因,诸如作为食物或是作为宠物这样的理由,可怜的龟鳖类动物无法逃脱被人类疯狂捕获的命运。保护龟鳖类种质资源也是刻不容缓,因此人类对龟鳖类动物有必要进行深入研究,包括但不限于对龟鳖类动物的系统发生关系以及物种分类作更进一步了解。典型的脊椎动物线粒体基因组是序列总长度在大约16Kb-20Kb的共价闭合的双链环状DNA。由于线粒体基因组具有结构简单、呈母性遗传且较少发生基因重排等相对来说优于核基因组的特点,被广大研究人员在进行动物遗传进化以及系统发生关系的相关研究时作为关键的研究对象。截至目前（2021年3月）,在NCBI正式公布出的龟鳖类动物的完整的线粒体基因组中一共包含了132个物种,这意味着远超过一半的龟鳖类,人类尚未能测得其完整的线粒体基因组。而在龟鳖目中物种数量最多的就是地龟科了。然而,71种地龟科里仅36种被测得了线粒体全基因组。显然,利用线粒体全基因组数据来研究龟鳖目动物的系统发生关系还需要我们做许多工作。本研究中获得了地龟（Geoemyda spengleri）线粒体基因组全序列,并对其氨基酸组成、相关同义密码子使用偏好性等参数进行了统计分析。地龟线粒体基因组全长为17448 bp,共38个基因,其中23个t RNA比典型的脊椎动物线粒体基因组多了1个t RNA-Glu假基因,13个蛋白编码基因（Protein Coding Genes,PCGs）和2个r RNA及一个D-环区（D-loop region）。其基因组结构、基因排列顺序和碱基组成均与典型的脊椎动物略有区别,存在基因重排现象,并提出了演化假说。地龟NADH3基因的第215位点存在额外核苷酸G插入。地龟的控制区序列长度分别为1937bp,在靠近5’端的位置发现了3个保守序列框（CSB1-3）;在地龟控制区的5’端,存在一个基序（motif）长为23 bp（ATATTATTATATTATTATATATC）的长片段串联重复序列（重复3次）,在其3’端发现有AT含量丰富的微卫星序列。本文结合从NCBI上检索到的另外22种龟鳖动物线粒体全基因组序列,以一种鳄及一种蜥蜴做外群,基于线粒体的13个蛋白编码基因的合并序列数据,采用最大似然法（maximum likelihood method,ML）,并选用GTR+G+I作为最佳的碱基替换模型,重建了龟鳖类动物的系统发生树,从而探讨地龟在龟鳖目动物中的系统进化地位。ML树显示缅甸棱背龟（Batagur trivittata）和阿萨姆棱背龟（Pangshura sylhetensis）先构成姐妹群,再与地龟聚为一支,之后再与地龟科下的另外六个属的龟并为一支从而组成地龟科。结合龟类的栖息地分布等信息确定了地龟属与潮龟属的亲缘关系最近。